Kefir yapımında bazı hatalar yapılmaktadır, bunlar;

20 - 25 °C den daha sıcak süt ile fermantasyona bırakmak

Fermantasyonu uzun tutulması,

Kefir üretiminde temiz ve hijyenik bir ortam sağlanmaması sonucu kefir tanesine yabancı mikroorganizma bulaşması (Bunun sonucu kefirde fazla gaz ve köpürme, serum ayrılması, farklı ekşilik gözlenir)

Kefir üretiminde kullanılacak sütün yeterince kaynatılmaması

Fermantasyonun bakır, alüminyum ya da toprak tencerelerde yapılması gibi hatalardır.