Şebeke ve sanal organizasyonlar birbirleriyle yakın ilişkili olan kavramlardır. Organizasyonlar sanallaştıkça şebeke organizasyonu hâline gelmekte veya tersinden bakıldığında organizasyonlar şebeke organizasyonu yapısına doğru gittikçe sanallaşmaktadır denilebilir. Sanal organizasyon ve şebeke organizasyonları arasında o kadar yakın bir ilişki vardır ki bazen bu iki kavram eş anlamlıymış gibi bile kullanılabilmektedir. Ancak bu iki kavram arasında farklılıklar mevcuttur.

• Her sanal organizasyon bir şebeke organizasyonudur. Her şebeke organizasyonu bir sanal organizasyon değildir.
• Şebeke türü yapılanma geçici veya kalıcı olabilir. Sanal organizasyonda yapılanma geçici, proje bazındadır.
• Şebeke organizasyonda bölünüp eklenme birim bazındadır. Sanal organizasyonda kişiye kadar inebilir.