Birden fazla ve genellikle çelişen amaçları içermesinin yanı sıra, hedef programlamayı doğrusal programlamadan ayıran bir diğer özelliği de amaç fonksiyonunda yer alan sapma değişkenlerinin farklı ölçeklerle ifade edilebilir olmasıdır. Bir depo ve envanter sisteminden örnek verecek olursak, envanter maliyetlerini en küçüklemek ve envanter seviyesini en uygun miktarda tutmak öncelikli amaçlardandır. Burada belirlenen hedefler doğrultusunda en küçüklenecek olan sapmalardan biri para birimi diğeri de envanter türüne göre envanter sayısı/ağırlık vb. ölçeğinde olacaktır. Kısıtlarınının ve amaç fonksiyonunun yapısına bağlı olarak doğrusal ve doğrusal olmayan hedef programlama yöntemleri bulunmaktadır.