Analitik Hiyerarşi Süreci uygulamalarında sık yapılan hatalar ve dikkat edilmesi gereken bazı noktalar şunlardır:

Uzman görüşü: Yöntem kolay uygulanabilmekte ve bu yönüyle tercih edilmektedir. Öte yandan ikili karşılaştırma değerlerinin uzmanlar tarafından belirlenmesi elde edilen sonuçların güvenilirliğini arttıracaktır.

Gerçek değerlerin bilinmesi durumu: Seçeneklerin bir ölçüt açısından değerinin bilindiği durumda, gerçek değerlerin kullanılabilmesi hatta kullanılması gerektiği yaygın bir kanıdır.

Aynı problemde hem negatif hem pozitif ölçütlerin varlığı: Bir problemde fiyat ve kalite iki ölçüt olsun. Seçeneklerin ölçütler açısından karşılaştırılması sürecinde, soruların yanlış bir analize meydan vermeyecek biçimde sorulması önemlidir.