TIBBİ CİHAZ VE MALZEMELER Dersi İleri Moleküler Tanı, Tektik Cihaz ve Malzemeleri soru detayı:

CEVAP:

Pirodizileme sisteminin diğer dizi analizi yöntemlerine göre avantaj ve dezavantajları şöyle özetlenebilir:

 Avantajları:

 • Metod çok örnekli işlemler için kolaylıkla adapte edilebilir. 

• Geleneksel metodlarla kıyaslandığında maliyet daha efektiftir. 

• Sekanslama reaksiyonları oda sıcaklığında ve fizyolojik pH’ta gerçekleşir. 

• Sinyal yakalanması yaklaşık 2 dakikalık çevrimlerledir. 

• Etiketlenmiş primerlere, nükleotidlere ve jel elektroforezine olan ihtiyacı kaldırır.

 • Kısa zincirler oldukça verimli sekanslanabilir: Sinyal-gürültü oranı 40 çevrimden sonra bile oldukça yüksek kalabilmektedir. 

• Düşük frekanslarda bulunsa bile allel kantifikasyonu yapılabilir. 

• Bilinmeyen sekans varyantlarını tespit edebilir. 

Dezavantajları: 

• Katı faz uygulamasındaki her nükleotid ilavesinde yapılan yıkama materyal kaybına sebep olduğu için sinyal kalitesini düşürür. 

• Sıvı faz uygulamasındaki apirazın etkinliği ilerleyen döngülerde ara maddelerin birikmesi sebebiyle azalır. 

• Sıvı faz uygulamasındaki apiraz ve DNA arasında spesifk olmayan etkileşim gözlenir ve bu durum nükleotid degrede edici aktivitenin kaybına yol açar. 

• Homopolimerik bölgelerde 5’ten daha fazla aynı ardı sıralı nükleotidinin korporasyonunu takiben oluşan salınım lineer olmamasından dolayı diziye katılan nükleotidlerin doğru sayısının tespiti zorlaşır. 

• PPi ile gerçekleşecek kontaminasyon sinyal-gürültü oranını önemli ölçüde düşürür. Tamamlanmamış nükleotid inkorporasyonları da arka plan sinyalini önemli ölçüde arttırır.

 • Ekzonükleaz içermeyen DNA polimerazın kullanımından dolayı nükleotid inkorporasyon güvenirliği yeterince yüksek değildir. 

• Uzun sekanslar için kalıp materyalin ve baz/maliyet oranının stabilitesi iyileştirilmelidir. 

• Yanlış primer bağlanması fragmentasyona ya da enzimatik parçalanmaya yol açarak reaksiyon karışımındaki kalıp DNA’nın harcanmasına ve böylelikle sinyal kaybına yol açabilir.