Hayvanlarda mortalite ve morbidite oranları çok düşük, yaralanma riski çok az veya hiç yoksa, vücut kondisyonu iyi ise, normal davranışlar tam olarak görülebiliyorsa, anormal davranışlar ve stres yoksa, bağışıklık sistemi baskılanmıyorsa, bu sürüde hayvan refahı ile ilgili önemli bir sorun olmadığı söylenebilir.

Çiftlik hayvanlarının refahı ile ilgili sorunlar çoğunlukla çevre ile ilgilidir. Bu hayvanlar içinde bulundukları çevre ile yabani yaşamdaki çevre arasında çok önemli farklar vardır. Nitekim entansif hayvancılık sistemleri çoğu zaman hayvanların normal davranış ihtiyaçlarının karşılanmasına uygun değildir. Dolayısıyla bu durumdaki hayvanlarda anormal davranışlar gelişebilmektedir. Domuzlarda kuyruk yeme, tavuklarda kanibalizm, sığırlarda dil oynatma, koyunlarda yapağı ısırma gibi davranışlar anormal davranışlara örnek verilebilir. Entansif sistemlerde ayrıca bazı yönetim hataları da hayvan refahını olumsuz etkilemektedir. Örneğin sığırlar ve koyunların altlıksız beton zeminde veya çamurlu ve ıslak zeminde uzun süre tutulmaları topallık sorununu artırmakta ve dolayısıyla refahı olumsuz etkilenmektedir.

Hayvansal üretimde hayvanların sağlık ve refahını tehdit eden bir çok risk faktörleri bulunmaktadır. Bu risk faktörleri aynı zamanda insan sağlığı için de tehdit oluşturmaktadır. Bu risklerden  Kimyasal Riskler şunlardır: 

• Doğal toksinler (Bitkisel, hayvansal)
• Çevre kirliliği sonucu oluşan kimyasal riskler
• Hayvan yetiştiriciliği ve üretiminde kullanılan maddeler (antibiyotikler, hormonlar, kimyasallar vb.) ve yem katkı maddeleri

Asites: Etlik piliçlerde görülen ve karın bölgesinde su toplanması ile seyreden bir hastalıktır.

Refahın sağlanması için uygun koşullar belirlenirken, tercih testleri, çevre koşullarıyla ilgili çalışmalar ve epidemiyolojik çalışmalar ve konuyla ilgili bütün bilgiler dikkate alınmalıdır.

Avrupa Birliği yasalarına göre kafes tavukçuluğunda her tavuk için 1 Ocak 2013 tarihine kadar 550 cm², daha sonra geleneksel kafeslerin yasaklanacağı ve yerine geçen iyileştirilmiş kafeslerde ise 750 cm² alan ayrılması gerekmektedir. Broyler üretimiyle ilgili İsveç ve İsviçre’de yasal düzenlemeler, Almanya ve İngiltere’de ise resmi tavsiyeler bulunmaktadır. Buna göre sıcaklık, havalandırma, aydınlatma ve hijyen gibi konular üzerinde durulmakla birlikte yerleşim sıklığına ayrı bir önem verilmiştir. Yerleşim sıklığı genellikle m² ye düşen kesim yaşındaki canlı ağırlık veya tavuk sayısı (kesim yaşında) şeklinde ölçülmektedir. 

Izgara zeminli barınaklardaki sığırlarda ön bacak ekleminde eklem deformasyonları, osteochondrosis, üst kuyruk nekrozisi ve ölüm oranı altlıklı zemine göre daha fazla görülmektedir. Ayrıca ızgaralar arasındaki mesafenin fazla olması, tırnakların bu aralara sıkışmasına neden olmaktadır. 

Kısıtlanmış alanlarda hapsedilen buzağılarda da davranış anomalileri ve diğer zayıf refah göstergeleri ve sorunları görülmüştür. Zayıf refaha neden olan sosyal ilişki eksikliği, normal hareket ve beslenme davranışlarını gösterememe ve aşırı emme, yalama ve dil oynatma gibi sterotip hareketle düzenli stimulasyon eksikliği sonucu meydana gelmektedir. Ayrıca normal yatma pozisyonuna geçmede başarısızlık, grup içerisine konulduğunda uyum sağlayamama ve anormal sosyal tepki gösterme ile adrenal ve diğer fizyolojik tepkilerde artış durumları da zayıf refaha örnek olarak verilebilir. 

Erkek hayvanlarda seksüel işlevleri kısıtlayarak saldırganlık davranışlarını azaltmak ve saldırganlığa bağlı olarak karkasta oluşan koyu alanları azaltarak et kalitesinin artırılması amacıyla kastrasyon yapılmaktadır. Kastrasyon erkek buzağılarda ve 8-14 haftalık yaşta yapılmaktadır. Bir yaşından sonra yapılan kastrasyonun ekonomik olmadığı gibi refah üzerine olumsuz etkisi de fazladır. 

Hayvanlarda boynuzun kesilmesi ve köreltilmesine  karşı çıkan görüşlerin nedenleri;
a. Ağrı: Boynuz kesimi ve köreltilmesi uygun şartlar altında ve anestezik madde verilerek yapılmalıdır. Aksi taktirde ağrı ve acı verici bir işlemdir. Bilimsel verilere dayanmamakla birlikte genç hayvanlarda ağrının daha az olduğu bildirilmektedir. Dolayısıyla bu işlem dünyanın birçok ülkesinde buzağılar üç aylık yaşa kadar lokal anestezi altında yapılmaktadır.
b. Sosyal fonksiyon: Serbest ortamlardaki sığırlarda boynuzun sosyal fonksiyonları da vardır. Özellikle kavga davranışı sırasında üstünlük sağlamada canlı ağırlığın yanında boynuzların durumu da oldukça etkilidir. Dolayısıyla boynuzları kesilmiş veya doğal olarak boynuzsuz olan sürülerde sosyal sıralamayı belirleyen yegane temel fiziksel özellik canlı ağırlık iken, boynuzlu sürülerde boynuzların da büyüklüğü önemli bir faktördür. 

Seleksiyon: Hayvan ıslahında bir sürüde istenilen özellikler bakımından en iyilerin üremesi ve çoğalmasına izin verilmesi olayına kısaca seleksiyon denir. Hayvan ıslahında sıkça uygulanmaktadır. Bazı verimlerin iyileştirilmesi amacıyla uygulanan seleksiyonla o verimde ilerleme sağlanırken başka verimde gerileme olabilmektedir. Bu durumun hayvan refahına olumsuz etki yaptığı da bilinmektedir. Domuz karkasında yağ oranını azaltmak amacıyla yapılan yoğun seleksiyon, davranışlarla ilgili sorunlara yol açmıştır. Besi hayvanlarında büyüme hızının artırılması amacıyla uygulanan seleksiyon iskelet ve ayak sorunlarının yaygınlaşmasına sebep olmuştur. Yumurtacı tavuklarda büyüme hızının artması yönünde yapılan seleksiyon çalışmaları, yumurta veriminde azalmaya neden olmuştur. Süt ineklerinde süt veriminde meydana gelen artış, anöstrüs oranının artmasına yol açabilmektedir.

Aile padok sistemi: Toplu halde yaşayan domuzların gruplar oluşturma davranışı gösterdikleri bilimsel çalışmalarla tespit edilmiştir. Domuzların bu davranış özelliğinden yararlanılarak İskoçya’da alternatif bir yetiştirme sistemi olan Aile Padok Sistemi geliştirilmiştir. Anormal davranışların hemen hiç görülmediği bu sistemde dört dişi domuz ve yavruları bir arada padokta tutulmaktadır. Bir taraftan ormana açılan bu padokların çatıları kısmen kapalıdır. Bu sistemde domuzlar davranışlarını tam olarak gösterdikleri için refahları iyidir. Aile padok sistemi süt danası eti üretiminde de kullanılması önerilse de uygulaması zor görünmektedir. Çünkü inekler ile buzağıları bir arada tutmak zordur. Dolayısıyla ana-yavru bağı oluşturulmasa da ana görevini yerine getirecek bazı suni uygulamalar yapılabilir. 

Pestisitler; insan ve hayvan vücudu ile bitkiler üzerinde veya çevresinde yaşayan, besin kaynaklarının üretim, depolama, tüketimi sırasında besin değerini düşüren ya da zarara uğratan böcek, kemirici, yabani ot ve mantar gibi canlı formların yıkıcı etkisini azaltmak için kullanılan kimyasal maddelerdir.

Deney hayvanlarının aşağıda belirtilen gerekçelerin oluşması durumunda kullanılması gerektiği konusunda genel bir görüş vardır.
• Bilimsel hedefler güncel, yeterli önemlilikte ve yapılabilir olmalıdır.
• Söz konusu deneyin hayvanlar üzerinde yapmaktan başka alternatifi olmamalıdır,
• Kullanılan hayvan sayısının en uygun alt seviyeye indirilmesi konusunda bütün çalışmalar tamamlanmalıdır.
• Bilimsel çalışmanın dizaynı ve yönetimi acı ağrı ve ızdırabı yansıtacak şekilde hayvan refahını azaltmamalıdır. Bu durum aynı anda kullanılan hayvan sayısını da artıracaktır.
• Bu çalışmaların yapılması için bilimsel ve toplum menfeatı üst düzeyde tutulmalıdır.

Deney hayvanlarının bilimsel çalışmada kullanılmasında 3R olarak bilinen kural göz önünde tutulmalıdır. Üç R kuralı İngilizce dilinden R harfi ile başlayan üç terimden (Replacement, Reduction, Refinement) oluşmaktadır. Çıkış tarihi Kraliçe Victoria’nın 1839 Biritaniya’sına kadar uzanan bu üç ifade, deney hayvanlarında refahın sağlanmasında temel kural olarak bilinmektedir. Yerine koyma anlamına gelen “Replacement”, mümkünse deneylerde canlı hayvan yerine diğer yöntemlerin kullanılmasıdır. Azalma anlamına gelen “Reduction”, deneyde hayvan kullanmak gerekiyorsa mümkün olduğu kadar az sayıda hayvan kullanılmalıdır. İyileştirme anlamına gelen “Refinement” ise deneylerde kullanılan hayvanlara gerek deney öncesi, deney sırasında ve sonrasında optimal şartların sağlanması, hayvanların ağrı ve acısını mümkün olduğu kadar azaltılmasıdır.

Bilimsel deneyler genel veya lokal anestezi altında yapılmalıdır. Anestezinin yapılmadığı durumlar ise;
• Anestezi hayvana deneyden daha fazla olumsuz etki yapıyorsa,
• Anestezi deneyin amacına uygun değilse,
• Anestezi mümkün değilse, analjezik veya diğer uygun bir yöntem kullanılmalıdır.
• Deneyin sonunda, hayvanın hayatta kalıp kalmamasına karar verilmelidir. Bu kararı tercihen veteriner hekim almalıdır. Deneyin sonunda hayvan yaşatılacaksa ona uygun bir bakım sağlanmalı, yaşatılmayacaksa mümkün olan en kısa sürede insancıl bir metotla öldürülmelidir. Hayvan deneyde şiddetli ağrı, stres veya acıya maruz kalmışsa, tekrar kullanılmamalıdır. 

24 Kasım 1986 tarihinde 86/609/EEC nolu deneysel ve bilimsel amaçlı hayvanların korunmasıyla ilgili AB Konsey direktifi kabul edilmiştir. Bu direktife göre üye ülkelerde ilgili otorite tarafından deney hayvanlarıyla ilgili uygulamaların titizlikle takip edilmelidir.

Organik hayvancılık: Organik hayvancılıkta amaç yüksek kaliteli hayvansal ürünlerin doğal bir şekilde üretilmesidir. Organik hayvancılık sistemi çevreye zarar vermeyen, en az pestisit taşıyan, ve hayvan refahını esas alan bir sistemdir. 

Geleneksel kafes sistemi refah bakımından uygun olmadığı için alternatifler önerilmektedir. Bu alternatifler şunlardır:

• Bu alternatiflerden biri de iyileştirilmiş kafes sistemidir. Bu sistemde kafeslerin alanı genişletilmekte; tavuklara tüneme imkanı, folluk, yuva yapma alanı ve bazen toprakta eşelenme imkanı sağlanmaktadır.
• Diğer bir alternatif de Kuşluk tipi (aviary) kümeslerdir. Bu kümesler altlıklı olup tahta, tel veya plastikten yapılan ızgaralı katlar ve bu katlar arası merdivenler bulunmaktadır. Tavuklar bu katlar arasında hareket imkanına sahiptirler. Ayrıca tünekler ve folluklar vardır.
• Serbest Dolaşımlı Kümesler diğer bir alternatiftir. Burada bir gezinti alanı bulunmaktadır. Gezinti alanı çayır, mera, toprak veya kumla kaplı bir alan olabilmektedir. Bu sistemlerin tümünde refah iyileşmektedir. 

Çiftlik hayvanlarında kayıt sisteminin oluşturulması amacıyla hayvanların tümü numaralandırılarak işaretlenmektedir. Numaralandırma sistemleri sıcak ve soğuk dağlama ile yapılır. Sıcak dağlama işlemi hayvanlar için yüksek derecede stres oluşturarak refah olumsuz etkilenmektedir. Bu nedenle soğuk dağlama yöntemi tercih edilmelidir.