II. Mehmed’in saltanatının son dönemlerinde devlet işleri tamamen veziriazam Karamani Mehmed Paşa’nın elindeydi; Karamani Mehmed Paşa toprak siyasetinden ve yeni vergilerden sorumluydu. Bu anlamda gerçekleştirilen mali uygulamalardan rahatsızlık duyanlar, yeni vergilerin ve alınan bazı sert tedbirlerin onun tarafından padişaha kabul ettirildiğini düşünmekteydiler. Öte yandan onun devlet idaresinde de kul asıllı kimseleri iktidardan uzaklaştırdığı; Osmanlı Devleti’nin en büyük idari organı olan divan-ı hümayuna ulema ve katip sınıfından kimseleri vezir olarak soktuğu kanaati hakimdi. Bu durum ise devlet katında ciddi bir gerginliğe sebep olmuştu. İshak Paşa ve Gedik Ahmed Paşa gibi kul asıllı vezirler, Karamani Mehmed Paşa’ya karşı bir nefret beslemekteydiler. II. Mehmed 3 Mayıs 1481 tarihinde vefat ettiğinde bu iki grup arasındaki mücadele İstanbul’da II. BAYEZ‹D’‹Nmeydana gelen bir isyanla birlikte büyük bir hesaplaşmaya dönüşmekte gecikmedi.

Babalarının ölümünde II. Mehmed’in iki oğlundan büyük olanı şehzade Bayezid Amasya’da, küçük olanı şehzade Cem ise Konya’da sancak beyi olarak bulunuyordu. Karamani Mehmed Paşa’nın da dahil olduğu ileri gelen vezirler, Babüssaade kapıcılarından Mustafa Çavuş’u derhal Amasya’ya Bayezid’in yanına gönderip İstanbul’a davet etti. Bununla birlikte kaynaklarda Karamani Mehmed Paşa’nın el altından Cem Sultan’a da haber gönderip İstanbul’a davet ettiği yazılmaktadır.
Bunda Karamani Mehmed Paşa’nın kendisinin de taraftar olduğu reformları sürdürecek isim olarak şehzade Cem’i görmesi ve II. Mehmed’in de vefatından önce, kendisinden sonra tahta geçecek isim olarak Cem’i tercih ettiğine dair çıkarılan haberler önemli rol oynamıştı. Fakat Bayezid’in büyük oğul oluşu onu avantajlı kılmaktaydı; ayrıca Osmanlı saltanat sisteminde tahta geçecek bir varisin önceden tespiti diye bir uygulama yoktu. Verasetin güçlü olan şehzadeye ait olduğu bir rejimde babaların yerlerine aday göstermeleri herhangi bir anlam taşımıyordu. II. Mehmed’in sağlığında Amasya, onun yaptığı reformlara muhalif olan isimlerin bir sığınağı haline gelmişti. Yani II. Bayezid daha şehzade iken yanına babasının reformlarından dolayı mağdur olmuş muhalifleri toplamış bulunuyordu. Bu da zaten daha sonra taht etrafında çıkacak bir çatışmanın da habercisi niteliğindeydi.

Şehzadelere gönderilen haberciler yola çıktığında İstanbul muhafızı İshak Paşa el altından İstanbul’da padişahın öldüğünü duyurdu ve bu durum ciddi karışıklıklara neden oldu. Bayezid’in damatları Hersekzade Ahmed Paşa ve Anadolu beylerbeyi Sinan Paşa, yeniçeri ağaları Kasım ve Rüstem ağalar ile İshak Paşa yukarıda değinilen nefretin bir yansıması olarak Karamani Mehmed Paşa aleyhine yeniçerileri tahrik ettiler. Bu gelişme üzerine yeniçeriler ayaklanarak İstanbul’da ortamı Bayezid’in lehine çevirdiler. Bayezid’in sultan olması için nümayiş yapan yeniçeriler Karamani Mehmed Paşa’nın evini basıp onu katlettiler. Bununla da yetinmeyip ticaret yerlerine yönelik bazı yağma hareketlerinde bulundular. Osmanlı tarihçisi Neşri’ye göre bu yağma hareketleri on altı gün sürmüştür. Sonunda yeniçeriler İshak Paşa tarafından sakinleştirilirken, o esnada İstanbul’da bulunan Bayezid’in oğlu Korkut babasına vekaleten tahta geçirildi. 

Cülus Bahşişi: Tahta çıkan yeni hükümdar tarafından askerlerle memurlara verilen paralar için kullanılan bir tabirdir. Osmanlıların diğer İslam devletlerinden tevarüs ettiği bu gelenek ilerleyen
dönemlerde bir zorunluluk haline dönüşmüş ve bu yüzden birçok problemler ortaya çıkmıştır.

7 Mayıs 1481’de Mustafa Çavuş’tan babasının ölüm haberini ve İstanbul’a davet mektubunu alan şehzade Bayezid, üç gün süren bir hazırlığın ardından lalası Ayas Bey, Hamzabeyoğlu Mustafa Paşa ve oldukça kalabalık bir maiyet ve 4000 atlı askerle dokuz gün süren bir seyahatin ardından Üsküdar’a ulaştı. Henüz saraya girmeden önce yeniçeriler tarafından önü kesilen Bayezid, onlara İstanbul’da ortaya çıkan karışıklıklar dolayısıyla mesul tutulmayacakları garantisini verdi. Öte yandan yine İshak Paşa’nın yeniçerileri bir kez daha tahriki ve onların talepleri üzerine İshak Paşa ile siyasi bir rekabeti olan Hamzabeyoğlu Mustafa Paşa’yı da geri göndertti. Bu karışık ortamda yeni padişah 21 Mayıs 1481 tarihinde saraya girebildi.

22 Mayıs 1481’de toplanan divanda oğlu Korkut’tan saltanatı resmen teslim alan yeni sultanın yapmış olduğu ilk iş, babasının artık bozulmaya yüz tutmuş olan naaşını törenle defnettirmek olmuştur. Ayrıca dönemin tarihçilerinden İbn Kemal’e göre, yeniçeriler ve kapıkulu askerine, tahta çıkışı münasebetiyle cülus bahşişi dağıttırmış ve onların maaşlarında artırıma gitmiştir. Hatta yine bu vesileyle yeniçerilerin çoğu atlı bölüklere dağıtılmış, II. Mehmed tarafından bozulan bazı vakıflar sahiplerine iade edilmiş ve vezirlere istedikleri yerler temlik edilmiştir.

II. Bayezid’in saltanatının başlangıcında karşı karşıya kaldığı en önemli olay Cem Sultan’ın tahtı ele geçirme teşebbüsleridir.

II. Bayezid’in saltanatının başlangıcında karşı karşıya kaldığı en önemli olay Cem Sultan’ın tahtı ele geçirme teşebbüsleridir. Babasının kendisine olan meylini bilen Cem Sultan, İstanbul’daki yandaşları tarafından babasının vefatı üzerine acele ile İstanbul’a çağrılmıştı. Fakat en büyük destekçisi olan Karamani Mehmed Paşa’nın yeniçeriler tarafından öldürülmesi kendisi için önemli bir güç kaybı oldu. Babasının ölüm haberini alan Cem Sultan, 8 Mayıs 1481 tarihinde Konya’dan Bursa’ya doğru harekete geçti. Esasen İstanbul’a, ağabeyi Bayezid’den daha yakın bir konumda bulunmasına rağmen, özellikle İshak Paşa’nın etkili siyaseti dolayısıyla ağır hareket etmek zorunda kalmış ve önemli bir istihbarat eksikliği yaşamıştı. Bayezid ise, kardeşinin Bursa’ya geçme ihtimaline karşı, Saruhan sancakbeyi olan oğlu Abdullah’a haber yollamış ve Bursa’ya gidip orada beklemesini istemişti. Ayrıca o tarihte Avlonya’da bulunan ve Otranto’daki kuvvetlerine yardım yollamaya çalışan Gedik Ahmed Paşa’yı geri çağırdı. Bursa’daki kuvvetleri takviye etmek için de 2000 yeniçeri yollamıştı. Bursa yakınlarında çıkan ilk çatışmada Bayezid’in kuvvetleri, Cem Sultan karşısında mağlup oldu.

Cem’in savaştan önce II. Bayezid’e bir heyet yolladığı, bu heyet aracılığıyla devletin ikiye bölünmesini ve Anadolu tarafının sultanlığının kendisine verilmesini istediği yolunda rivayetler çıkmışsa da böyle bir teklifin yapılmış olma ihtimali oldukça zayıf görünmektedir.
Kaynaklarda atıf yapılan bu teklifi, aslında Cem Sultan’ın ağabeyinin saltanatını kabul etmek karşılığında Anadolu taraşarında serbest hareket edebileceği bir idari bölge talep etmesi şeklinde değerlendirmek daha doğrudur.

Osmanlı Devleti Cem Sultan’ı muhafaza etmeleri karşılığında Rodos’la diplomatik ilişkiler tesis edip onlara bir takım tavizler vererek bir antlaşma imzaladı. Cem Sultan daha sonra Fransa’ya, oradan Roma’ya geçti. Uzunca yıllar süren diplomatik faaliyetler, ne II. Bayezid’in istediği gibi neticelendi, ne de Cem Sultan’ın bir gün Osmanlı tahtına oturma hayalini gerçekleştirecek şekilde sonuç verdi. Bayezid bu nazik dönemde ustaca bir dış politika yürüttü. Ayrıca gizli bir istihbarat ağı da kurdu.
Papa’ya her yıl Cem Sultan için yüklü paralar gönderdi. Cem Sultan dolayısıyla Avrupa’daki güçlü devletlerin gündemi de değişmişti. Fransızlar ve Macarlar onun şahsında Osmanlı Devleti aleyhine yeni planlar yapacakları bir fırsatı yakalamışlardı. Fakat II. Bayezid’in ustaca uyguladığı dış siyaset, Cem’in de bu emellere alet olmama yönündeki ciddi temayülü söz konusu niyetleri boşa çıkardı. On üç yıl süren bir sürgün hayatının ardından Cem Sultan, 25 Şubat 1495’te Napoli’de öldü.

Cem’in ölümü Osmanlı tarihinde önemli bir safhanın da sonu oldu. Bu tarihe kadar olan dönemde II. Bayezid dış politikada itidalli davranmak durumundaydı; ona karşı Cem Sultan kozunun kullanılabileceğini çok iyi bildiği için diplomasinin bütün imkanlarından faydalanarak kendisine ve Osmanlı Devleti’ne yönelik bir taarruzun önüne geçmeyi başardı. Bununla birlikte, bu süre zarfında babasından kendisine tevarüs eden birçok iç sorunla yüzleşmek zorunda kaldı. Bu tarihten sonra da dış politikada daha atak bir siyaset izlemeye başladı.

II. Bayezid’in merkezdeki çalkantıları yatıştırmak ve bu çalkantıların en büyük müsebbiplerinden
olan yeniçerileri meşgul etmek için sınır ötesi bir harekata ihtiyacı vardı. O dönemde yeniden patlak veren Boğdan (bugünkü Moldova) hadisesi, sultanı ordusunun başında bizzat sefere çıkmaya yöneltti. Babası II. Mehmed döneminde pek de başarılı olunamayan bir coğrafyaya yönelik olarak düzenlenecek olan bir sefer yeniçeriler tarafından oldukça sevilen ve bir kahraman mertebesine
yükseltilen Gedik Ahmed Paşa’nın ortadan kaldırılmasının yarattığı memnuniyetsizliği de giderebilecek nitelikteydi.

Bayezid’in bu seferi zaferle neticelenirken, bu zaferle iktidarı daha da pekişmiştir. Kili ve Akkirman
gibi kuzey ülkelerinin Akdeniz’le olan ticaretlerinde önemli olan iki antreponun doğrudan Osmanlılar eline geçmesi iktisadi olarak da kazanılan önemli bir başarıdır. II. Bayezid’in sefere çıkarken Edirne’de temellerini attırdığı imaret de bu zaferin bir nişanesi olmuştur.

Osmanlıların 1490 tarihinde bir anlaşma imzaladıkları Lehistan kralı IV. Kazimir’in (Kazimierz Jagielloczyk) ölümü ve yerine I. Albert’in (Jan Olbracht) geçişi üzerine her iki taraf arasındaki barış üç yıllığına yenilenmişti (1493). Fakat sonra kuzeyde yeniden hareketlilik başladı ve Lehliler Boğdan’ı işgal etmeye teşebbüs etti (1497). Bunun üzerine Osmanlı kuvvetleri Boğdan’a girmiş olan Leh kuvvetlerini geri püskürttü. Osmanlılara vasal statüsünde olan voyvoda Ştefan’ı kuvvetleri de destek veriyordu. Bu birlikler Lehistan içlerine Leibach’a kadar ilerledi (Mayıs 1498). Ardından da Silistre sancak beyi Malkoçoğlu Bali Bey komutasındaki akıncılar Lehistan’a iki büyük akın daha düzenledi ve Lehlilere büyük zararlar verdirdi. Bu durum Lehistan’ı Osmanlı Devleti ile barışa zorlamakta gecikmedi.

II. Bayezid Cem olayı dolayısıyla Batı’ya karşı itidalli bir politika takip ederken birçok nedenden ötürü Osmanlı Memlük ilişkileri iyice bozulmuştu. Her ne kadar II. Mehmed döneminin başında arada dostane ilişkiler olsa da özellikle Cem Sultan olayında Memlüklerin tutumu ve Dulkadıroğulları üzerindeki nüfuz mücadeleleri iki taraf arasındaki ilişkileri yeniden germiştir.

Çukurova üzerindeki bu mücadele dolayısıyla Osmanlı Devleti bir prestij kaybına uğradığı gibi, bu durum padişahın otoritesi üzerinde de sarsıcı etkiler doğurdu. Bu başarısızlık dolayısıyla özellikle Karaman bölgesinde bir takım karışıklıklar ortaya çıktı; II. Bayezid’in padişahlığının başından itibaren bölgede huzursuzluk çıkaran ve Osmanlı otoritesine başkaldıran Turgutlu ve Varsak aşiretleri ile Karamanoğulları’na bağlı gruplar ve aşiretlerle yapılan mücadele, Karamanoğulları’nın
son varisi kabul edilen Mustafa Bey’in kaçarak Memlüklere sığınması ile neticelendi. Bundan sonra Karamanoğulları problemi tamamen çözülürken, Turgutlu ve Varsak aşiretlerinin yol açtığı karışıklıklar geçici de olsa yatıştırıldı.

Padişah, Manastır’dan Pirlepe’ye doğru giderken konaklama esnasında bir Kalenderi dervişin suikastına maruz kaldı. Bu suikasttan İskender Paşa sayesinde kurtulan II. Bayezid, bunun üzerine Balkanlardaki sufi temayüllü grupların (ışık taifesi) Anadolu’ya sürülmelerini emretti. Her ne kadar bu suikastte o sıralarda henüz kendini göstermeye başlayan Şah İsmail fedailerinin rolü olduğu iddia edilse de bu doğru olmamalıdır. Batı kaynaklarında bu şahsın Çernoviç’in (Cmojevic) bir fedaisi olduğu ve derviş kılığına girerek padişahı öldürmeye çalıştığına dair bilgiler vardır. Bu olayın II. Bayezid üzerindeki etkileri büyüktür; bundan dolayı padişahın daha da dindarlaştığı ve sufi hayata olan temayülünün arttığı ifade edilmektedir. Hicri takvime göre 900 (1494) yılındaki kıyamet beklentileri de önde gelen kesimlerin psikolojisi üzerinde derin bir etki yapmıştır. Halkta ve aydın kesimde bu korku hakimken ‹stanbul’da bir de veba salgınının baş göstermesi, durumu daha da güçleştirmiş, padişah bunun üzerine yeniden Edirne’ye dönmüştür.

Osmanlılar bir yandan deniz kuvvetlerini arttırmaya çalıştılar. Aynı şekilde Milano dukalığı, Floransa cumhuriyeti, Napoli krallığı ve Papalık ile de iyi ilişkiler kurarak Venedik’i yalnızlaştırmaya çaba gösterdiler; Venedik’e vurulacak bir darbe bu devletlerin hoşuna gidecekti.

II. Bayezid Venedik’le olan savaşlara yoğunlaşmışken, Anadolu’da dini ve sosyal vasıflı yeni bir hareket ortaya çıkıyordu. Özellikle Şah İsmail’in ön ayak olduğu bu yeni dini/siyasi anlayış Anadolu’daki Türkmen boyları arasında oldukça rağbet görmekteydi. Şah İsmail onlara İslamiyeti algılayış biçimleriyle hitap ediyordu. Bu grupların geleneklerinden gelen öğelerle karıştırdıkları İslami anlayış ve uygulamaları Şah İsmail ile birlikte yeni bir siyasi özelliğe büründü. Osmanlı iskan
uygulamalarından, tahrir sisteminden, vergilerden rahatsızlık duyan ve yerel yöneticilerin baskılarından bunalan özellikle de Karamanoğulları’nın etkisi altındaki dağlık alanlarda yaşayan bu kabileler Şah İsmail’in etkisi altına girmeye başladı.

II. Bayezid dönemi kültürel bakımdan da hareketli bir devredir. Müeyyedzade Abrurrahman, Molla Lutfi, İdris-i Bitlisi, Kemalpaşazade, Tacizade Cafer ve Sadi Çelebiler, Zembilli Ali Efendi, Necati, Zati, Firdevsi gibi âlim, şair ve sanatkârlar II. Bayezid döneminin önde gelen isimlerindendir. Kemalpaşazade ve İdris-i Bitlisi’ye özel olarak tarih kaleme aldırmıştır. Dönemin konjonktürünün bir yansıması olarak İslam’ın Sünni yorumu dışındaki yorumlara karşı sert bir tutum takındığı, Molla
Lutfi’nin idamı meselesinden hareketle iddia edilebilir. Ayrıca bu dönemde yapılan kanunlaşma hareketleri ile şer’i hukukun alanını da genişletmiştir. Öte yandan ilginç şekilde Batı’daki sanat hareketlerinin gözden kaçırılmadığı da söylenebilir. İtalyan Rönesans’ının en önemli temsilcilerinden Leonardo da Vinci, II. Bayezid’e yazdığı bir mektupta Haliç ve Boğaziçi’nde bir köprü yapma talebinde bulunmuştur. Michelangelo’nun da yine benzeri şekilde bazı projelerle İstanbul’a gelmeye
niyet ettiği, keza Amerika kâşifi olarak tanınacak olan Kolomb’un daha önce ona başvurduğu rivayet edilir. Bu dönemde II. Mehmed devrine nispetle Doğu ve Batı kültürünün dengelendiği ve özellikle Doğu’nun kendisine has kültürel birikiminin
daha çok ön plana çıkarıldığı söylenebilir.