Abaza Mehmed Paşa’nın isyanında, kendisini sâhib-i huruc ve müeyyed min indallah (Allah tarafından desteklenen bir kişi) olduğuna inandıran Sarıbabazâde Abdürrahim’in (Kayserili Şeyh, Abaza Şeyhi) teşvik edici bir rol oynadığı anlaşılmaktadır. Abaza’nın isyanına Trablusşam Valisi Seyfoğlu Yusuf Paşa ile Maraş Beylerbeyi Kalavun Yusuf Paşa’nın da katıldığını görüyoruz.

Avrupa’da cereyan eden Otuz Yıl Savaşları (1618-1648) dış politika açısından Osmanlılar’ın Avrupa cephesinde kendilerini rahat hissetmelerini sağlamıştı. Öte yandan bu savaşların dinî etkileri Osmanlı topraklarında da hissedildi. Katolik devletlerin elçileriyle Protestan ülke elçileri Osmanlı yönetimini kendi lehlerinde etkilemeye çalışmaktaydılar. Fransız elçisinin aleyhlerindeki propagandasına karşılık Hollanda elçisi de Cizvitler’in tehlikeli olduğunu ileri sürüp, onların kurduğu matbaanın kapatılmasında ve Cizvitler’in Sakız’a sürülmesinde etkili oldu.

Bağdad’ın kaybına yol açan olayların başlangıcında Vali Yusuf Paşa ile yerlikulu denilen askerî teşkilatın başındaki Bekir Subaşı arasındaki rekabet olayları ateşlemiştir. Bekir Subaşı’nın valiyi öldürüp idareyi fiilen ele almasıyla hükümet üzerine önce eski Diyarbekir Valisi Süleyman Paşa’yı sonra da Diyarbekir Valisi Hafız Ahmed Paşa’yı gönderdi. Bunun üzerine Şah Abbas ile ilişkiye geçen Bekir Subaşı’ya, talep ettiği Bağdad valiliği verildi. Ne var ki daha sonra Şah Abbas Bekir Subaşı’nın oğluyla birlikte hareket ederek kenti ele geçirecek ve Bekir Subaşı öldürülecekti. Musul ve Kerkük’ü de ele geçiren Safevîler’den Musul geri alınmışsa da Irak neredeyse tamamen onların denetimine girmişti. Abaza Mehmed Paşa isyanının birinci safhasını atlattıktan sonra Veziriazam Hafız Ahmed Paşa komutasında 1625’te Bağdad’ı geri almak için yapılan teşebbüs, kapıkulu askerinin isyankâr tutumlarının da etkisiyle başarısızlıkla sonuçlanmıştır.

Osmanlı yönetiminin ana kaidelerinden birisi “Kanun-ı kadim”, yani eskiden beri uygulanmakta olan kanunlara riayettir.

Sultan IV. Murad'ın 1633 yılı Aralık ayındaki Bursa gezisinde yolların tamirindeki ihmali yüzünden İznik kadısını astırması ulema arasında tepkiyle karşılandı. Şeyhülislâm Ahizâde Hüseyin Efendi böyle bir hareketin tehlikelerine dair Kösem Sultan’a bir tezkire yazınca Valide Sultan ilmiye mensuplarının bu konudaki toplantılarında sultanın hal’i meselesini konuştukları şüphesiyle durumu oğluna bildirdi. Bunun üzerine Bursa’daki gezisinden dönüp İstanbul’a gelen sultan şeyhülislâmı azledip Kıbrıs’a sürdü. Ancak kızgınlığı geçmeyen ve gemi henüz Marmara’dayken verdiği bir emirle şeyhülislâmı boğduran IV. Murad ilk kez bir şeyhülislâm idam eden Osmanlı padişahı olmuştur.

IV. Murad ülkede nizam ve asayişi şiddet ve idamlarla sağlamaya çalışırken bundan ulema dahil toplumun bütün kesimleri nasibini almış ve o arada fitne ve bozgunculuk kaynağı olarak görülen kahvehaneler kapatılarak tütün içilmesi de yasaklanmıştır. Kahvehanelerin kapatılmasında 1633 yılı Eylül ayında Cibali kapısında çıkıp rüzgârın da etkisiyle yayılan ve şehrin beşte birini yok eden yangının dedikodulara yol açması rol oynadı. Kadızâde Mehmed Efendi’nin teşvikiyle IV. Murad yeni yangın çıkma ihtimalini bahane ederek tütünü yasaklayıp bekârlar, debbağlar ve nalbantlar için odalar yaptırdı. Edirne’deki kahvehaneleri yıktıran sultanın tütün düşmanlığı pekçok insanın hayatına mal oldu.

IV. Murad devrinde Lehistan ile Kırım hanları, Kazaklar ve Rusya’nın da dahil olduğu bazı problemler ortaya çıkmıştır. IV. Murad’ın içeride iktidar dizginlerini ele almasından sonra Osmanlılar, 1623’ten sonra kaybettikleri toprakları geri almak amacıyla İran üzerine yürümeye karar verdiler. Bu sırada Lehistan’la yaşanan gerginlik yüzünden IV. Murad bu yöne sefer yapmayı planladığından İran üzerine önce 1633’te Veziriazam Tabanıyassı Mehmed Paşa’yı gönderdi. 

IV. Murad daha sonraki dönemde, özellikle aşağıda ele alınacak olan Revan ve Bağdad seferlerine çıkarken görevini ihmal ettiği veya kötüye kullandığı gerekçesiyle, aralarında Beyşehir sancakbeyi, İznik kadısı, Erzurum valisi ve Konya kadısının da bulunduğu pekçok kişiyi idam ettirmiştir. Bunlar içinde eskiden zorba olduğu için idam edilenler de vardır. Yukarıda İstanbul’a getirildiği belirtilen Maanoğlu Fahreddin önce hapsedilmişti. Fahreddin ile Galata Sarayı’na verilen büyük oğlu Mesud da sefer sırasında gönderilen emirle idam edilmiştir.

Emirgân, IV. Murad’ın Revan seferinde Revan’ı teslim eden Safevî yöneticisi Emirgûne oğlu Tahmasb Kulu Han ile IV. Murad arasında dostluk gelişir ve kendisine Yusuf adını veren sultan onu Halep beylerbeyiliğine atar. Yol boyunca yaptığı bazı işler dolayısıyla Halep beylerbeyliği eski valisi Ahmed Paşa’ya verilip, Emirgûne oğluna ise sultanı İzmit’te beklemesi bildirildi. Sultanın İzmit’ten İstanbul’a geçtiği kadırgaya alınanlardan biri olan Emirgûne oğlu sefahate düşkün olmasına rağmen sultan tarafından kendisine itibar gösterilmiş, İstinye’nin yanında kendisine verilen bahçenin bulunduğu alan zamanla onun adıyla (Emirgân şeklinde) anılır olmuştur.

Revan ve Bağdat Osmanlılar tarafından fethedilmiş ve  Kasr-ı Şirin Antlaşması’yla (1639) iki ülke arasındaki nihaî sınır çizilmiştir. Sınırın çizilmesinde daha çok son savaşlar sonunda ortaya çıkan durum esas alınmıştır. 

Sekiz yıl içinde ülkenin düzenini yeni baştan sağlayan IV. Murad 1640’da genç yaşta, hastalanarak öldü ve Revan’ın fethinden sonra (1635) iki (Bâyezid ve Süleyman), Bağdad seferine çıkarken de (1637) ana-baba bir olan kardeşi 25 yaşındaki Kasım’ın ölüm fermanlarını İstanbul’a gönderip, onları katlettirdiğinden yerine hayatta kalan tek erkek kardeşi olan İbrahim geçti.

Tahta geçtiğinde 25 yaşında olan İbrahim’in şehzadelik yılları Osmanlı sarayının en karışık dönemine rastlar. Babasının genç yaşta vefatından sonra padişah olan amcası Mustafa’nın aklî dengesizliğinin beraberinde getirdiği bunalım yılları, ağabeyi II. Osman’ın tahttan indirilip feci şekilde katli, diğer ağabeyi IV. Murad’ın saltanatının ilk on yılında karşı karşıya kaldığı sıkıntılar ve idareyi tam anlamıyla ele aldıktan sonra da başvurduğu son derece sert ve kanlı tedbirler, daha çocukluk ve gençlik döneminde iç dünyasını derinden etkiledi. Bu zor yıllarda şahit olduğu hadiseler, karşı karşıya kaldığı ölüm tehlikesi Şehzade İbrahim’in ruhî dengesini sarstı. Özellikle IV. Murad’ın saltanatı sırasında kardeşleri Bâyezid ve Süleyman’ı boğdurması (1635), ardından Bağdad Seferi’ne çıkarken hayatta kalan ana-baba bir, iki kardeşinden Kasım’ı idam ettirmesiyle (I637) sıranın kendisine geleceği endişesi sinirlerinin daha da bozulmasına yol açtı. IV. Murad’ın ölüm döşeğinde iken hanedanın hayatta kalan tek erkek üyesi olan İbrahim’i öldürtmek için Şeyhülislâm Zekeriyazâde Yahya Efendi’den fetva aldığı, ancak Kösem Sultan’ın bunu önlediği rivayet edilmiştir. 

İbrahim’in ilk yılları, yeni sultanın yetersizliğine ve aklî bakımdan dengesizliklerine rağmen, Veziriazam Kemankeş Kara Mustafa Paşa’nın dirayetli idaresi sayesinde nispeten istikrarlı geçti. Kendisi de bir layiha yazarı olan Paşa, ülke düzenini sağlamak için önemli adımlar attı. Bu çerçevede, sikke tashihi yapmış, ocak mevcudunu azaltmış, vergi düzeni ve malî sistemde çok önemli hâle gelen ve özellikle Celâli karışıklıkları ve kapıkullarının taşradaki egemenlikleri döneminde toprak tasarrufunda meydana gelen değişiklikler yüzünden reâyânın üzerindeki yükü artan avârız vergisinin tarhına esas olmak üzere geniş çaplı bir sayım hareketine girişmiştir.

Osmanlı-Venedik ilişkilerinde IV. Murad devrinde bozulmalar başlamış ve Kemankeş Kara Mustafa Paşa’nın sadareti döneminde, bir korsan yatağı hâline gelen Girit’e karşı sefer hazırlıkları başlamıştı. Venedikliler’in barış girişimleri sonuç vermiş ve savaşın önüne geçilmişti. Mamafih, mazul Kızlarağası Sümbül Ağa ile Mekke kadılığına yeni atanan Bursalı Mehmed Efendi’nin de içinde bulunduğu kalyon Girit yakınlarında Malta korsanları tarafından ele geçirilip ganimetin bir kısmı Girit valisine verilince Yusuf Paşa ve Cinci Hoca’nın da teşvikiyle Sultan İbrahim, Malta seferi görüntüsü altında, Girit’i almaya karar verdi (1645).

Bu dönemde Sultan İbrahim, Girit’ten yeteri kadar ganimetle dönmediğine içerlediği Yusuf Paşa (1645) ile gerçekte kendisini hal’ için bir tertip içinde bulunduğundan şüphelendiği ama zahiren emrettiği araba yasağı konusunda gevşek davrandığı gerekçesiyle Veziriazam Salih Paşa’yı (1647) öldürtmüştür.

Sultan İbrahim 1648’de Valide Kösem Sultan, kapıkulu ve devlet ileri gelenleri ve ulemanın ittifakıyla tahttan indirildi ve yerine henüz 7 yaşını doldurmamış oğlu Mehmed tahta çıkarıldı. Tahttan indirilen Sultan İbrahim ise on gün kadar sonra, vuku bulabilecek iç çatışmaları önlemek,
tekrar cülus ihtimalini ortadan kaldırmak maksadıyla idam edilmiştir.

IV. Mehmed’in ilk veziriazamı Sofu Mehmed Paşa malî alanda birtakım tedbirler almış, kendilerine karşı tavizkâr bir siyaset izlediği hâlde bazı haklarını ileri sürerek harekete geçen sipahilerin kendisine karşı başlattığı isyanı (Sultanahmet Vak’ası) yeniçerilerin desteğiyle atlatmıştı. Veziriazam saraydaki güç odakları karşısında devlet işlerini kendi konağında görmek eğilimindeydi. Ancak bu defa İstanbul’da yeniçeri ocak ağalarının hakimiyeti başlamıştı. Bu dönem aşağı yukarı üç sene kadar sürmüştür. Bu dönemin en güçlü ağaları veziriazamlık da yapan Kara Murad, Koca Muslihiddin, Bektaş ve Kara Çavuş Ağalardı. Bir yandan, başta Kara Murad olmak üzere güçlenen ağalara öte yandan da Kösem Sultan’a karşı gizli bir iktidar çekişmesine giren Veziriazam Sofu Mehmed Paşa, donanmanın Venedikliler’e yenilmesi üzerine, küçük yaştaki padişah donanma için gönderilen yüz keseye veziriazam tarafından el konulduğuna inandırılarak azledilmiş, veziriazamlığa ise Kara Murad Ağa (Paşa) getirilmiştir (21 Mayıs 1649). Malları müsadere edilen mazul veziriazam sürgüne gönderildiği Malkara’da idam edilecektir.

Bu durum önde gelen ağaları rahatsız etmişti. Merkezde kapıkulunun üstünlüğü artarken genç Valide Sultan Turhan, kapıkulu ocaklarının ağalarına yaslanan ve IV. Mehmed’i zehirleterek annesini rahatça kontrol edebileceği Şehzade Süleyman’ı tahta geçirmeyi planlayan Kösem Sultan’a karşı, durumdan kendisini haberdar eden Darüssaâde Ağası Uzun Süleyman ile birlikte ve saray halkının desteğiyle bir darbe tertip etti. Neticede, Büyük Valide Kösem’in öldürülmesiyle (2 Eylül 1651) saray halkı ile kapıkulu arasındaki rekabet kızıştı. Ağaların hakimiyetine son vermek amacıyla, Kösem Sultan’ın idam edildiği gecenin sabahında, doğal olarak annesi Turhan Sultan’ın ve Başlalası Süleyman Ağa’nın telkiniyle, IV. Mehmed ulemayı ve sipahileri saraya davet etti, sancağı şerif çıkarıldı. Bunun üzerine ocak mensupları ağalarını terkedip sancağı şerifin altında toplandılar ve
ağaların iktidarı sona erdi.

Başmaklık (Paşmaklık), Devlete ait arazilerden padişahın annesi, kadın ve kızlarına tahsis edilen gelirin adıdır.

Asiler, idam edilenlerin cesetlerini teker teker Sultanahmet Meydanı’ndaki çınar ağacına astılar. Böylece bu isyan tarihlerimizde “Çınar Vak’ası” olarak anılmaya başlandı. Bir hafta boyunca isimleri defterde yazılı olanlardan yakalananlar önce idam, daha sonra da bu çınarda baş aşağı asılarak halka teşhir edildi. Ölülerin baş aşağı asılması nedeniyle, durum hayalî vakvak ağacına benzetildiği için bu olay “Vak’a-yı Vakvakiyye” olarak da adlandırılmaktadır.