Eşherişya genusuna ait Escherichia coli (E.coli), E.albertii, E.blattae, E.fergusonii, E.hermanii, E.vulneris olmak üzere 6 tür bulunmaktadır. Bu türlerden en önemlisi olan E.coli, Gram negatif, çomak şeklinde, 1,1-1,5x2-6 µm boyutlarında, sporsuz, fakültatif anaerobik ve sahip olduğu flagellası sayesinde hareketli bir bakteridir. Bazı suşları ise hareketsizdir. E.coli, jenerasyon süresi oldukça kısa olan (yaklaşık 20 dakika) bir bakteridir. Katı besiyerlerinde 37°C’de 24 saatte gözle görülebilen, kenarları düzgün (S tipi) koloniler oluştururlar. Sıvı besiyerlerinde ise homojen bulanıklık meydana getirerek ürerler. E.coli’nin antijenik yapısı oldukça komplike olup, özellikle patojen suşlarda bu yapılar önem taşımaktadır. Önemli antijenik yapılar ve özellikler arasında başlıca; somatik O antijeni, flagella antijeni (H), kapsüler antijen (K), enterotoksinler, nörotoksinler, endotoksinler, sitotoksik nekrozan faktör (CNF) bulunmaktadır. Somatik O antijeni, lipopolisakkarit özellikte olan yüzey antijenidir. E.coli’lerin serotiplendirilmesinde önem taşırlar. Flagellar H antijeni, sadece hareketli suşlarda bulunur ve E.coli’lerin serotiplendirilmelerinde önemli bir yeri vardır. Polisakkarit yapıda (N-asetil nöraminik asit) olan kapsüler K antijeni, O somatik antijeninin üstünde bulunur. K antijenine göre 100’e yakın serogrup tespit edilmiştir. Enterotoksinler, genelde genç hayvanların bağırsak infeksiyonlarından sorumlu E.coli’ler tarafından sentezlenmektedir. Enterotoksin üreten E.coli’ler ETEC (Enterotoksijenik E.coli), üretmeyenler ise NETEC (Nonenterotoksijenik E.coli) olarak adlandırılmaktadır. Nörotoksinler ise, lipoprotein yapıda olup domuzların ödem hastalığının patojenezinde önem arz etmektedir. Tüm Gram negatif bakterilerin hücre duvar yapısında bulunan endotoksinler ise, septisemi olgularında şok belirtilerine ve ateşe sebep olmaktadır. E.coli’lerin bazı suşları tarafından sentezlenen sitotoksik nekrozan faktör (CNF), protein yapısında olup epitelyum hücre membranlarında bazı değişikliklere sebep olur.

E.coli, hayvanlarda pek çok hastalığa neden olmaktadır ve bu hastalıklar farklı E.coli patotipleri tarafından oluşturulmaktadır. E.coli’nin patotipleri; Enterotoksijenik E.coli (ETEC), Enteropatojenik E.coli (EPEC), Enterohemorajik E.coli (EHEC), Enteroinvaziv E.coli (EIEC)’ dir. Enterotoksijenik ishaller yenidoğan buzağı, kuzu, tay, köpek ve domuzlarda meydana gelmektedir. Hastalığa ETEC neden olmaktadır. ETEC’lerin enterositlere bağlanması, sahip oldukları kapsüler K antijeni ve fimbrial antijenleri (F) sayesinde olmaktadır. E.coli’nin invaziv suşları tarafından meydana getirilen invaziv hastalıklar daha çok yeni doğan hayvanlarda gözlenir. EPEC’ler toksin üretmezler ancak, bağırsakta tipik lezyonlara yol açarlar. Bazı E.coli suşları ise, kanlı ishale neden olur ve bu suşlar EHEC olarak adlandırılırlar. EHEC prototipi E.coli O157:H7’dir. Belirli E.coli suşları kanatlılarda kolibasillozis ve ruminantlarda mastitise neden olur.

Normal bağırsak flora etkeni olan E.coli’ler dışkı ile saçılmak suretiyle çevreye, yemlere ve sulara bulaşmaktadır. E.coli’nin bulaşması fekal-oral yol (dışkı-ağız) ile olmaktadır. Genelde bağırsaktaki E.coli sayısı iki biyolojik faktör ile kontrol altında tutulmaktadır. Bunlardan biri bağırsakta bulunan diğer bakteriler ile E.coli’ler arasındaki kompetitif antagonizmadır. Diğeri ise yeni doğanlarda kolostrum ve süt ile alınan antikorların sağladığı lokal bağışıklıktır. E.coli infeksiyonlarının oluşmasında hijyenik koşulların kötü olması, temizlik kurallarına uyulmaması çok büyük önem taşımaktadır. Dışkıların ve altlıkların toplanması, hayvan barınaklarının temiz tutulması, yem ve suyun dışkı ile kontaminasyonunun engellenmesi gibi önlemler alınarak E.coli infeksiyonları kontrol altında tutulabilir. Özellikle süt veren ineklerde koli mastitlerinin önüne geçilmesinde memenin sağımdan önceki ve sonraki temizliği önemlidir.

E.coli izolasyonu için gönderilecek materyaller, hastalığın semptomlarına göre değişmektedir. İshal durumlarında dışkı, mastitis olgularında süt gönderilmelidir. Ölen hayvanlara nekropsi yapılarak lezyonlu organlardan örnek alınmalıdır. Gönderilecek tüm materyaller, steril bir kap içerisine konulmalı ve soğuk zincir içerisinde en kısa sürede ilgili laboratuara gönderilmelidir.

Lezyonlu bölgelerden hazırlanan preparatlar Gram yöntemi ile boyanarak incelendiğinde Gram negatif çomakların görülmesi E.coli’yi düşündürür, ancak kesin teşhis için yeterli değildir. Gönderilen materyallerden E.coli izolasyonu için Kanlı Agar, MacConkey Agar, EMB Agar gibi besiyerlerine ekim yapılır. 37°C’de 24-48 saatlik inkubasyon sonunda oluşan koloniler değerlendirilir. E.coli, Kanlı Agar’da S tipli kenarları düzgün koloniler oluşturur. Bazı suşları ise hemoliz oluşturur. MacConkey Agar’daki koloni görüntüsü yine S tipi olup rengi pembedir. Bunun nedeni MacConkey Agar’da bulunan laktozun E.coli tarafından fermente edilmesidir. EMB Agar’da ise E.coli metalik yeşil röfleli koloniler oluşturur. Sıvı besiyerlerinde (Nutrient Buyyon, BHI Buyyon gibi) ürediğinde ise homojen bulanıklık oluşturur. Oluşan kolonilerden yapılan boyamada Gram negatif çomakların görülmesi E.coli yönünden şüphe uyandırır. Kolonilerden elde edilen saf kültürle biyokimyasal testler yapılarak identifikasyona gidilir.

E.coli için yapılan biyokimyasal testler arasında; karbonhidrat fermentasyon testleri, İndol, Metil Kırmızısı (Metil Red), Voges-Proskauer (VP), Sitrat (Citrate), H2S testi bulunur. Enterobakterilerin ayrımında kullanılan İndol (İ), Metil Red (MR), Voges-Proskauer (VP) ve Sitrat (C) testleri “İMViC” şeklinde kısaltılmıştır ve bu test serisi uygulandığında E.coli, İndol pozitif, Metil Red pozitif, VP negatif, Sitrat negatif (İMViC:++--) olarak sonuç verir.  İzole edilen E.coli’lerin patojenite testleri için deney hayvanlarına inokulasyonu yapılır. Ayrıca enterotoksijenik suşlar için tavşan bağırsak lup testi ve bebek fare testi (infant mouse test) kullanılır. E.coli’nin virulensinin tespiti için hücre kültürleri kullanılır. Bunlar toksijenik suşlar için Vero, Y1, CHO hücre kültürleri, enteropatojenik suşlar için ise Hep-2 ve HeLa hücre kültürleridir. Hücre kültürlerine inokulasyon sonrasında hücrelerin morfolojik değişimleri gözlenerek sonuç değerlendirilir.

Seroloji E.coli’nin antijenik yapılarının belirlenmesi amacıyla kullanılır. E.coli’nin serolojik olarak saptanması çeşitli tekniklerle gerçekleştirilir. Bunlardan biri hızlı lam aglütinasyondur. Bu teknikte, oluşan koloniler, E.coli suşlarına karşı oluşturulmuş spesifik antiserumlarla lam üzerinde karıştırılır. Aglütinasyon oluşması pozitif reaksiyon olarak kabul edilir. Koloni hangi antiserumlarla aglütinasyon gösterirse, o antijenik yapılara sahiptir. Aglütinasyon testi için O, H ve K spesifik antiserumlara ihtiyaç vardır. İzole edilen E.coli’de bulunan antijenik yapıların farklılıklarını ortaya koyarak E.coli’nin serotipi belirlenir. ELISA ile de E.coli’nin antijenik yapılarını veya toksinlerini saptamak olanaklıdır.

PCR ile E.coli’ye ait antijenik yapıları ve virülens faktörlerini kodlayan genleri belirlemek mümkündür.

Doğada birçok hayvan türünde ve çevresel örneklerde çok yaygın olarak bulunan Salmonellalar, enterobakterilerin genel özelliklerini taşıyan Gram negatif, 0,71,5x2,0-5,0 µm boyutlarında, kısa ve küçük çomaklar tarzında bakterilerdir. Salmonellalar, fakültatif anaerobik özellikte, sporsuz ve kapsülsüz olup, S.Pullorum ve S.Gallinarum hariç hareketlidirler. Salmonellalar, Salmonella genusuna ait 2 türü ve yaklaşık 3000 serotipi kapsamaktadır. Salmonella türleri S.bongori ve S.enterica’dır. Birçok patojenik bakteriyi içeren S.enterica türü, belirli biyokimyasal testlere ve bakteriyofaj duyarlılıklarına göre değerlendirildiğinde 6 alttüre ayrılmaktadır. Bunlar S.enterica subsp. enterica (I), S.enterica subsp. salamae (II), S.enterica subsp. arizonae (IIIa), S.enterica subsp. diarizonae (IIIb), S.enterica subsp. houtenae (IV) ve S.enterica subsp. indica (VI)’dır.

Salmonellanın antijenik yapıları identifikasyonlarında gerekli olduğu için oldukça iyi incelenmiştir. Bu antijenik yapıları Somatik O antijeni, flagellar H antijeni, yüzeysel antijenler, enterotoksin ve sitotoksinlerdir. Somatik O antijeni, tüm salmonellalarda bulunan polisakkarit özelliğinde olan bir antijendir. Salmonellaların serogruplara ayrılmasına yarayan bu antijen, değişik faktörler içermektedir. Salmonellalarda bulunan ve hareketi sağlayan flagellaya ait flagellar H antijeni, protein tabiatında, ısıya duyarlı bir antijenik yapıdır. Yüzeysel antijenler ise hücre duvarının dışında bulunur. Bunların arasında Vi antijeni, M antijeni ve pilus antijeni bulunur. Vi antijeni; S.Typhi, S.Paratyphi A, S.Paratyphi C’nin bazı suşlarında bulunan ve serogrulandırmayı sağlayan O-somatik antijenini maskeleyen bir antijendir. Bu nedenle Vi antijenine sahip olan suşlar, O-somatik antiserumlarıyla aglutine olmazlar. Diğer bir yüzeysel antijen olan M antijeni S.Paratyphi B’nin mukoid koloni oluşturan suşlarında bulunur. Bazı salmonella türlerinde de pilus (fimbria) antijeni bulunmaktadır.

Salmonellalar bu antijenik yapılardan farklı olarak, toksin sentezleme yeteneğine de sahiptirler. Sentezledikleri toksinler arasında endotoksin, enterotoksin ve sitotoksin bulunmaktadır. Endotoksinleri, bağırsak mukozasında harabiyete neden olur ve akut toksemi vakalarından sorumludur. Enterotoksinleri, E.coli’nin labil toksinine benzer ve bağırsak lümenine sıvı ve elektrolit geçişine neden olarak ishal tablosu şekillendirir. Salmonellaların sitotoksinleri ise Şigella toksinine benzer karakterde olup, bağırsak mukozasındaki epitellerin protein sentezini engeller.

İnsan ve hayvanlarda infeksiyona neden olan salmonellalar genellikle S.enterica subsp. enterica (I) alttürüne aittir. Salmonellalar, insan ve hayvanlarda genel infeksiyonlara (tifo gibi), gıda zehirlenmelerine (S.Enteritidis, S.Typhimurium) ve bazı özel hastalıklara (abortlar) neden olmaktadır.

Sıcakkanlı ve soğukkanlı hayvanların gastrointestinal kanalı salmonellaların rezervuarıdır. Kontamine gıda, su, yem hammaddeleri ve infekte hayvanların dışkılarıyla bulaşma söz konusudur. İnfeksiyon canlı salmonellaların oral yolla alınmasıyla şekillenir. Bağışıklığı baskılanmış hayvanlar, yeni doğanlar, stres altındaki hayvanlar infeksiyona daha duyarlıdır. Tüm hayvanlar normal bağırsak florası bozulduğu durumlarda yüksek risk altındadır. Kanatlılarda salmonella bulaşması infekte hayvanların dışkılarıyla olmaktadır. Hasta veya portör hayvanlar %30 civarında salmonella yumurta çıkarır. İnfekte kanatlılarda yumurtalardan canlı civciv çıkma oranı azalır. Canlı çıkan civcivler portör olarak kalır ve etkenin etrafa saçılımında önemli rol oynarlar. Yem, Paratifo etkenlerinin bulaşmasında önemli bir kaynaktır. Mekanik bulaşmada ise kümesler veya çiftlikler arası gezen ve dezenfeksiyona dikkat etmeyen bireyler, ziyaretçiler, memeliler, yabani kuşlar, kemiriciler ve sinekler önemlidir. Paratifo grubu salmonellaların insanlara bulaşması kontamine kanatlı etleri ve yumurtaları başta olmak üzere tüm hayvansal ve bitkisel gıda ürünleriyle olabilmektedir. Etlerin kontaminasyonu, kesimhanedeki haşlama tanklarında veya organların çıkarımı esnasındaki yırtılmalar sonucunda meydana gelir. Böyle kontamine etlerin iyi pişirilmeden tüketilmesi insanlar için önemli infeksiyon kaynağıdır.

Abort vakalarında, atık fötusa ait organlar, fötal membranlar gönderilir. Kanatlı Salmonellozisinin bakteriyolojik teşhisi için ise yeni ölmüş veya agoni halindeki hayvanlar, serolojik teşhis için de kan veya kan serumu laboratuar numunesi olarak gönderilebilir. Kanatlılarda kümes bazında salmonella varlığının belirlenmesi amacıyla kümeslerden altlık numuneleri steril şartlarda alınıp incelenebilir. Bunun dışında, kümesteki hayvanlardan kloakal svaplar alınabilir.

Salmonellanın bakteriyolojik teşhisinde öncelikle, klinik vakalardan gelen numunelerden hazırlanan preparatlar Gram boyanır ve Gram negatif çomakların görülmesi klinik ve nekropsi bulguları göz önünde bulundurularak salmonella infeksiyonu şüphesi uyandırır, ancak bakteriyoskopi teşhis için yeterli değildir. Pullorum hastalığı ve kanatlı tifosunun teşhisi S.Pullorum ve S.Gallinarum’un izolasyon ve identifikasyonu ile konulur. Hem S.Pullorum hem de S.Gallinarum selektif olmayan genel besiyerlerinde iyi üremektedir, ancak diğer Paratifo salmonella etkenleri için selektif besiyerleri de mevcuttur. Bazı kompleks besiyerleri etkenlerin izolasyonunu inhibe edebilir, bu nedenle ekimler hem genel besiyerlerine hem de selektif besiyerlerine yapılmalıdır. S.Gallinarum, S.Pullorum’a göre daha hızlı ürer ve oluşturduğu koloniler daha büyüktür. Bu nedenle S.Pullorum’un izolasyonu için inkubasyon 48 saat olarak önerilir.

İzolasyonda kullanılan besiyerleri arasında Nutrient Agar, Kanlı Agar bulunmaktadır. Salmonellalar bu besiyerlerinde şeffaf, kenarları düzgün, 1-2 mm çapında yuvarlak koloniler oluştururlar. Sıvı besiyeri olarak ise tamponlanmış peptonlu su (TPS), Nutrient buyyon, Et İnfüzyon Buyonu kullanılabilir. Salmonella izolasyonunda kullanılan selektif katı besiyerleri arasında MacConkey Agar, Xylose Lysine Deoxycholate Agar (XLD), Xylose Lysine Tergitol 4 Agar (XLT4), Brilliant Green Agar (BGA) gibi kromojenik özellikte besiyerleri vardır. Bu besiyerlerinden MacConkey Agar’da Gram pozitif bakterilerin üremesini engelleyen safra tuzları ve kristal viyole bulunur ve bu agar mikroorganizmaların laktoz kullanma özelliklerine göre ayırıcı niteliktedir. Eğer mikroorganizma laktozu fermente etme özelliğine sahip ise kolonileri pembe renkte, laktozu fermente edemiyorsa şeffaf renkte olur. Örneğin laktozu kullanan bir bakteri olan E.coli MacConkey Agar’da pembe renkte koloni oluştururken, laktozu kullanamayan salmonellalar ise şeffaf renkte koloni oluşturur. XLD ve XLT4 Agarlar içerisinde bulundurdukları demir tuzları sayesinde mikroorganizmanın hidrojen sülfit oluşturma yeteneğini belirler. Salmonellalar hidrojen sülfit (H2S) oluşturma özellikleri sayesinde bu agarlarda ortası siyah, şeffaf-pembe renkli koloniler oluştururlar.

Paratifo infeksiyonlarında izolasyon identifikasyon prosedürleri değişiklik göstermekle birlikte temelde 4 aşamadan oluşmaktadır. Bunlar selektif olmayan ön zenginleştirme, birincil selektif zenginleştirme, selektif ve ayırıcı katı besiyerlerine ekim, şüpheli kolonilerin doğrulanması ve identifikasyonu için biyokimyasal ve serolojik testlerdir.

Salmonella izolasyonunda Avrupa Birliği’nde kullanılan ve günümüzde standart olarak kabul edilen yöntem ISO 6579:2002’dir. Bu yöntemde izlenen yol TPS’de ön zenginleştirme, ardından S.Gallinarum/Pullorum için Modifiye Yarı Katı Rappaport-Vassiliadis (MSRV) besiyerinde zenginleştirme, S.Enteritidis ve S.Typhimurium gibi diğer Paratifo etkenleri için sıvı Rappaport-Vassiliadis (RV) ve Tetrathionate Broth (TTB) besiyerlerinde zenginleştirme, sonrasında da XLD Agar’da ve ilave olarak başka bir selektif agarda izolasyon yapılmasıdır.

Salmonellaların izole ve identifiye edildikten sonra serotiplendirilmeleri, ticari olarak satılan spesifik antiserumlarla yapılmaktadır. Spesifik antiserumlar, salmonellanın O somatik, H flagellar, Vi antijenlerine ve bunların alt gruplarına karşı elde edilmiş antikorlardır. Kültür sonrasında oluşan kolonilerin spesifik antiserumlarla bir lam üzerinde karıştırılması ile aglütinasyon reaksiyonu değerlendirilir. Aglütinasyon oluşması pozitif reaksiyonu gösterir. Şüpheli koloniler öncelikle polivalan O ve polivalan H antiserumlarıyla kontrol edilmeli, sonrasında O antijen alt gruplarına ve H antijen fazlarına yönelik antiserumlarla değerlendirmeye gidilmelidir. Salmonellalar daha sonra flagella faz antijenleri özgün aglütinasyon testleriyle referans laboratuarlarda belirlenerek tam identifiye edilirler. Böylece tiplendirilmeleri yapılmış ve adları konulmuş olur. Salmonella infeksiyon tanısında kullanılan serolojik yöntemler ise hızlı tam kan aglütinasyon, hızlı serum aglütinasyon, tüp aglütinasyon, mikro-aglütinasyon ve ELISA’dır.

Salmonellanın moleküler tanısı gönderilen numunelerden, kültür sonucu elde edilen kolonilerden ve yemlerden yapılabilmektedir. Bu amaçla genellikle kültür yönteminin ön zenginleştirme aşamasından alınan örneklerden salmonella aranması PCR test duyarlılığını artırıcıdır. PCR test süresini kısaltıcı ve duyarlılığı daha da artırıcı hale getirmek için Real-Time PCR sistemleri de gerek hayvan ve gerekse gıda numuneleri için kullanılabilmektedir.

Yersinyalar Gram negatif, kokoid çomak şeklinde, 0,5-0,9x1-3 µm boyutlarında, sporsuz, kapsülsüz, fakültatif anaerobik bakterilerdir. Bakteri, 30 °C’nin altındaki sıcaklıklarda hareketli 37 °C’de hareketsiz özelliktedir. Kültüre edildiklerinde Kanlı Agar ve MacConkey Agar’da 0,1-1 mm çapında S tipli koloniler oluştururlar. 40-42 °C’de üreyen bu etken için optimal üreme ısısı 28-29 °C’dir. Yersinya genusuna ait bakteriler oksidaz negatif, katalaz pozitif özellikte, nitrattan nitrit oluşturan, laktozu ve sitratı kullanmayan, hidrojen sülfit oluşturmayan etkenlerdir. Yersinyalar kanlı agarda hemoliz oluşturmazlar. Yersinya genusuna ait Yersinia pestis (Y.pestis), Y.pseudotuberculosis, Y.enterocolitica, Y.intermedia, Y.frederiksenii, Y.kristensenii, Y.ruckeri, Y.bercovieri, Y.mollaretii, Y.rohdei, Y.aldovae olmak üzere 11 farklı tür bulunur. Y.enterocolitica insan ve hayvanlarda akut gastroenteritislere neden olan ve hayvansal gıdalarla insanlara bulaşabilen zoonoz bir etkendir. Y.pseudotuberculosis, başta rodentler olmak üzere at, sığır, domuz, koyun, keçi, köpek, kedi ve ayrıca hindi ile kanaryaları etkileyen, enteritis ve septisemi ile karakterize hastalığa neden olan bir etkendir. Y.pestis ise insan ve kedilerde veba hastalığının etkenidir. Fırsatçı infeksiyon etkeni olan Y.frederiksenii ise gıdalarda da bulunabilmektedir. Y.ruckerii ise başta alabalık olmak üzere bazı balıklarda enterik kızıl ağız hastalığına neden olur.

Y.enterocolitica infeksiyonuna at, domuz, koyun, kedi, köpek, rodentler oldukça duyarlı olmakla beraber bu etken tavşan, çinçila ve maymunlarda da enteritise ve septisemiye yol açmaktadır. Bebeklerde gastroenteritis, yetişkin bireylerde ise akut enteritis, akut glomerulonefritis, eklem iltihabı (artritis) ve genel infeksiyonlara neden olmaktadır. Y.pseudotuberculosis, doğal koşullarda rodentlerde ve evcil hayvanlarda görülmektedir ancak bakım-besleme eksiklikleri ve mevsimsel değişimler hastalığın oluşmasında etkilidir. Y.pestis ise infekte rodentlerin kediler tarafından yenilmesi suretiyle kedilere bulaşır ve bu infekte kediler insanlar için potansiyel infeksiyon kaynağıdır. Etkenin bulaşmasında vektör olarak pireler de önem taşır.

Y.pseudotuberculosis için dışkı ve lenf düğümlerinden yapılan aspirat sıvısı laboratuara numune olarak gönderilir. Y.pestis tanısında ise ödematöz dokulardan ve lenf düğümlerinden aspirat, beyin omurilik sıvısı ve kan örnekleri toplanır. Y.enterocolitica izolasyonu için ise dışkı örneği gönderilir.

Gelen numunelerden yapılan direkt mikroskobik incelemede Gram negatif çomaklar gözlenir ve teşhis için yeterli değildir. Yersinia türleri Kanlı Agar, Nutrient Agar ve MacConkey Agar’da ürerler ancak 24 saatlik inkubasyon sonunda oluşan kolonileri diğer Enterobakteri kolonilerinden daha küçüktür.

Serolojik Tanı: Bazı referans laboratuarlarda Y.enterocolitica ve Y.pseudotuberculosis’e karşı oluşmuş antikorların saptanmasına yönelik mikroaglütinasyon ve komplement fikzasyon testleri ile ELISA yöntemi uygulanmaktadır. 

Moleküler Tanı: Y.pestis, Y.enterocolitica ve Y.pseudotuberculosis’in antijenik ve virulens karakterlerinin genetik düzeyde saptanması PCR yöntemi ile yapılmaktadır.

Enterobakteri familyasında yer alan diğer önemli bakteri genusları; Şigella, Sitrobakter, Klebsiyella, Enterobakter, Serratya, Hafniya ve Proteus’tur. Tüm bu genuslara ait bakteriler Gram negatif özelliktedir.

Şigella 0,6-4 µm boyutlarında, çomak tarzında, fakültatif anaerobik, hemoliz oluşturmayan, laktoz negatif, oksidaz negatif olan bir bakteridir. Şigella genusuna ait önemli türler; Shigella dysenteriae (S.dysenteriae), S.boydii, S.flexneri ve S.sonnei’dir. Şigella etkenleri özellikle insanlarda ve bazı maymun türlerinde genellikle ishal ve dizanteri oluşturur.

Sitrobakter çomak tarzında, fakültatif anaerobik, hemoliz oluşturmayan, sitratı kullanan bir bakteri genusudur. Hayvanlardaki patojenitesi tartışmalı olan bu etken, mikroflora etkeni olarak kabul edilmekte, su ve topraktan izole edilebilmektedir. Önemli suşları Citrobacter freundii (C.freundii), C.amalonaticus ve C.diversus’tur. Sitrobakter sığırlarda mastitis, abortus ve ishale, domuzlarda mastitis-metritis-agalaksia kompleksine, koyunlarda da ishale neden oldukları bildirilmiştir.

Serratya normal flora etkeni olup toprakta ve suda da bulunurlar. Önemli bir türü olan Serratia marcescens (S.marcescens), atlarda konjunktivitise, pnömonilere, septisemi ve endokarditise neden olmaktadır. Son yıllarda S.marcescens’in, hastane infeksiyonu olarak da bilinen nozokomiyal infeksiyona neden olduğu saptanmıştır ve insanlarda önemli bir etken haline gelmiştir. 

Hafniya çomak şeklinde, hareketli, kapsülsüz, sporsuz bir etken olup en önemli türü Hafnia alvei (H.alvei)’dir. Bu etken atların abortus ve sığırların mastitis olgularından izole edilmiştir. 

Proteus çomak tarzında, hareketli bir bakteri olup önemli laboratuar kontaminantıdır. Kedi ve köpeklerin kulak iltihapları ve üriner sistem infeksiyonlarından izole edilebilmektedir. Sığırların da mastitis ve metritis olgularına neden oldukları bilinmektedir. Proteusların önemli türleri; Proteus vulgaris (P.vulgaris), P.mirabilis ve P.myxofaciens’dir.