Hicretle birlikte Hz. Muhammed Medine’de peygamberlik görevini yerine getirme
ve İslâmiyet’i yaymak için uygun bir ortam buldu. Müslümanların birbirleriyle kaynaşması için aralarında selâmı yaymalarını istedi. Neredeyse bütün mal varlıklarını Mekke’de bırakarak İslâm ve iman uğruna Medine’ye hicret etmiş muhâcirler ile onlara evlerini açıp maddî imkânlarını paylaşan, Evs ve Hazrec kabilesine mensup olup ensar adı verilen Müslümanlar arasında ‘muâhât’ denilen kardeşlik antlaşması yaptı. Böylece muhacirlerin ihtiyaçları karşılandığı gibi Câhiliye dönemindeki kabile temeline dayalı kardeşlik anlayışının yerini din ve iman kardeşliği aldı. 

Mekke’den Medine’ye hicret edenlere muhâcir (çoğulu muhacirûn/muhâcirîn), onlarla maddi imkânlarını paylaşarak yardımcı olan Medineli Müslümanlara da ensar denilir. Kur’an-ı Kerim’de “İman edip hicret edenler ve Allah yolunda mallarıyla canlarıyla cihad edenlerle bunları barındırıp yardım elini uzatanlar, işte onlar birbirlerinin gerçek dostlarıdır” (el-Enfâl 8/72) gibi birçok ayette muhâcirler ve ensardan övgüyle bahsedilir.

Hz. Peygamber Müslümanların bir araya gelip ibadet etmelerini ve İslâm’ı öğrenmelerini sağlamak için Mescidi Nebevî’yi inşâ ettirdi. Mescidin bitişiğine Hz. Peygamber’in ailesi için odalar ilave edildiği gibi hem eğitim öğretim hem de kimsesizlerin barınması için Suffe adı verilen bölüm oluşturuldu. İbadet ile eğitim ve öğretim başta olmak üzere Hz. Peygamber’in hemen bütün faaliyetlerinin merkezi Mescid-i Nebevî idi.

Hz. Peygamber Medine’ye hicret ettiği dönemde bütün Hicaz bölgesinde olduğu gibi burada da teşkilâtlanmış bir devlet yoktu, her kabile kendi reisinin idaresinde yaşıyordu. Evs ve Hazrec kabilelerinin yanı sıra Benî Kaynuka’, Benî Nadîr ve Benî Kurayza adlı üç Yahudi kabilesi de burada ikamet ediyordu. Hz. Peygamber yukarıda işaret edilen muâhât ile Müslümanlar arasında birlik ve dayanışmayı sağladıktan sonra Müslümanların ve Yahudi kabileleriyle henüz Müslüman olmamış Arapların şehirde barış ve güven içinde yaşamalarını sağlamak üzere Medine Vesikası adı verilen bir antlaşma yaptı. Medine’de Müslümanlar için bir pazaryeri yaptırdı; Bakı’ mevkiini de mezarlık için tahsis etti. Hz. Peygamber’in emriyle nüfus sayımı yapıldı. Medine’nin sınırları belirlenen belli bir alanı harem ilan edildi. İbadetler ve gündelik yaşamla ilgili bir takım düzenlemeler yapıldı.

Hz. Peygamber hicretten yedi ay sonraki (Mart 623) dönemden başlamak üzere bir yıla yaklaşan bir süre içinde, Medine’ye sığınmış bulunan Müslümanları Kureyşlilerin tehdidinden korumak, Müslümanların bir güç olduğunu onlara göstermek amacıyla Sîfülbahr Seriyyesi, Buvât Gazvesi, Ebva Gazvesi, Uşeyre Gazvesi vb. gibi sekiz kadar askerî operasyon gerçekleştirdi. Çoğuna kendisinin kumanda ettiği bu askeri birlikler Kureyş kervanlarının güzergâhları civarında dolaşmışsa da herhangi bir baskın düzenlememiş, diğer kabile ve gruplara ait kervanları da rahatsız etmemiştir. Bu askerî hareketlerle esasen mücadele halinde olan Medine ile Mekke, savaş hükümlerinin yürürlükte bulunduğu bir dönemi yaşamaya başlamış ve bu durum Hudeybiye Antlaşması’na kadar sürmüştür. Hicretten on yedi ay sonra (Ocak 624) Abdullah b. Cahş kumandasında Batn-ı Nahle’ye gönderilen seriyye Yemen’den dönen bir Kureyş kervanına, Mekke’nin güneyinde baskın yapmış, bir kişi öldürülmüş, iki esir alınmış ve bazı ganimetler ele geçirilmiştir. Bazı rivayetlerde asıl hedefinin istihbarat olduğu bildirilen bu seriyye ile Hz. Peygamber Kureyşli müşriklere gözdağı vermeyi hedeflemiştir.

Hz. Peygamber ve arkadaşları Kureyş ordusunun Mekke’den çıkıp Bedir’e geldiğini henüz bilmiyorlardı. Kur’an-ı Kerim’de Bedir’deki karşılaşmanın, iki tarafın beşerî planlarının ötesinde Allah’ın kudret ve iradesiyle gerçekleştiğine işaret edilerek Müslüman ordusuyla müşrik ordusunun birbirinden habersiz olduğu, ticaret kervanının ise ikisinden de uzak bir yerde, sahil yolunda bulunduğu haber verilir (el-Enfâl 8/7, 42). 13 Mart 624 Cuma sabahı, 305 kişilik Müslüman kuvvetiyle, 1000 kişilik müşrik ordusu arasındaki savaşta Ebû Cehil dâhil yetmiş müşrik öldürüldü, yetmişi esir alındı. Müslümanlar ise on dört şehid verdi. Kur’an’da elde edilen zaferin Allah’ın yardımıyla gerçekleştiği ve Müslüman ordusunun meleklerle desteklendiği ifade edilmektedir (el-Enfâl 8/8-12; krş. Âl-i ‹mrân 3/123-127). Esirlere karşı iyi davranılmasını emreden Hz. Peygamber onlardan sadece ikisini, Ukbe b. Ebû Muayt ile Nadr b. Hâris’i vaktiyle Müslümanlara yaptıkları işkenceye karşılık ölüme mahkum etti, diğer esirlere yapılacak muamele konusunda da ashabın görüşünü aldı. Hz. Ebû Bekir’in teklifini benimseyerek esirler fidye karşılığı serbest bırakıldı. Bazı esirler karşılıksız, okuma yazma bilenler ise on Müslümana okuma yazmaöğretmeleri şartıyla serbest bırakıldı. Müşriklerden elde edilen ganimetler biraraya toplanarak savaşa katılanlar arasında eşit şekilde bölüşüldü.

Bedir’de ağır bir yenilgiye uğrayan Kureyşliler Müslümanlardan intikam almak için reisleri Ebû Süfyân’a savaş hazırlıklarına hemen başlaması hususunda baskı yapıyorlardı. Bedir Gazvesi’ne sebep olan kervanın malları Dârünnedve’de muhafaza edilerek ve Müslümanlara karşı kullanılmak üzere Ebû Süfyân’ın emrine verilmişti. İntikam hisleri yanında, Müslümanların Suriye-Mısır ticaret yolunu kesmeleri ve kervanlarına baskınlar düzenlemeleri de onları endişeye sevkediyordu. Kureyşliler, çevredeki dost ve akraba kabilelerden de yardım alarak 3.000 kişilik bir ordu topladılar ve Bedir Gazvesi’nden bir yıl sonra Medine’ye doğru yürüdüler.

Münafıklar, Müslümanlardan gözüktükleri halde gerçekte Müslüman olmayan ve her fırsatta İslâm aleyhine bozgunculuk yapan kimselerdir. Kur’an-ı Kerim’de münafıklara dair Münâfikûn adlı müstakil bir sûre yer aldığı gibi çeşitli sûrelerde onlarla ilgili birçok ayet bulunmaktadır. Hz. Peygamber’in Medine’de karşılaştığı büyük problemlerden biri de nifak hareketiydi. Bu grubun başını çeken Abdullah b. Übey b. Selûl, Hazrecliler’in reisi olup Evs ve Hazrec kabileleri arasındaki savaşların sonunda Yesrib’in idaresi kendisine verilmek üzere anlaşmaya varılmışken Hz.Peygamber’in hicretiyle bu gerçekleşmemiş ve bu sebeple hayatının sonuna kadar ona karşı düşmanlık beslemiştir. Şehirde yaşayan Yahudiler ile Mekke’deki müşrikler de onun bu düşmanlığını tahrik
ediyordu. Abdullah b. Übey’le birlikte diğer münafıklar, hemşehrilerine muhacirlere hiçbir şekilde destek olmamalarını tavsiye ederek onların şehirden ayrılmalarını sağlamak istiyordu.

Yanında kalan 700 sahabesiyle Uhud dağı eteklerine gelen Hz. Peygamber, arkasını emniyete almak için Ayneyn tepesine elli okçu yerleştirdi ve onlara, savaşın seyrine bakmaksızın kendisinden bir emir gelmedikçe yerlerinden ayrılmamalarını emretti. İki ordu 23 Mart 625 Cumartesi günü karşılaştı ve Müslümanlar başlangıçta Kureyşlileri püskürtüp çekilmeye mecbur bıraktılar. Düşmanın bozulup kaçmaya başladığını gören okçular, kumandanları Abdullah b. Cübeyr’in bütün ısrarlarına rağmen emir dinlemeyip yerlerinden ayrılarak ganimet peşine düştüler. Ayneyn tepesinin stratejik önemini tıpkı Hz. Peygamber gibi takdir eden Kureyş ordusunun süvari birliği komutanı Halid b. Velid, Müslüman okçuların yerlerinden ayrıldığı nı görünce, savaşın kaderini değiştirecek bir hamle ile yerinde kalan birkaç okçuyu şehid ederek İslâm ordusuna arkadan saldırdı. Müslümanların lehine gelişen savaşın kaderi değişti ve başta Hz. Muhammed’in amcası Hz. Hamza olmak üzere yetmiş Müslüman şehid oldu.

Uhud Gazvesi’nden Medine’ye dönen Hz. Peygamber ertesi gün, Kureyşlilerin geri dönüp Medine’ye baskın düzenleyeceklerine dair bir haber aldı. Bunun üzerine hem muhtemel bir baskını önlemek hem de Müslümanların zayıf düşmediğini göstermek üzere Kureyş ordusunu takip etmeye karar verdi ve Uhud’a katılanlardan 500 kişilik bir kuvvetle, Medine’ye 8 mil uzaklıktaki Hamrâülesed’e kadar gitti. Durumu öğrenen Kureyşliler Medîne’ye dönmekten vazgeçip Mekke’ye gittiler. Burada beş gün kalan Hz. Peygamber 2 Nisan 625 tarihinde Medine’ye döndü.

Hendek Gazvesi Kureyşlilerin Medine’ye karşı son saldırı çabası olan Hendek Gazvesi, düşmanın saldırısından korunmak için Medine’nin etrafına hendek kazılması sebebiyle bu  adla anılmıştır. Bu gazveye, düşman güçleri Kureyş’ten başka Gatafan, Fezâre, Süleym, Kinâne ve Sakîf gibi çeşitli Arap kabileleri ile Medine’den çıkarılan Benî Nadîr
ve o sırada Medine’de kalan Benî Kurayza Yahudilerinin ittifakıyla oluştuğu için gruplar, zümreler anlamında ‘Ahzâb’ Gazvesi de denilmiştir

Onun Kureyş’e karşı uyguladığı strateji, Müslümanların gücünü göstermek, ticaret yolu dolayısıyla onların kendisine muhtaç olduklarını hissettirmek, İslâm Dini’nin ve Medine’deki yeni oluşumun varlığını kendilerine benimsetmekti.

Hendek Gazvesi ile müşriklerin Hz. Peygamber’i ve Müslümanları ortadan kaldırmaya yönelik son teşebbüsleri de başarısızlıkla sonuçlandı. Düşmanın başarısız olmasında Hz. Peygamber’in Yahudiler ile onların müttefiği olan Arap kabilelerinin arasını açmak üzere uyguladığı siyaset ve diplomasinin yanında derin bir istihbarat çalışması yapmasının da önemli rolü olmuştur. Hz. Peygamber’in bu savaş sırasında düşman ittifakını bozmak için başvurduğu tedbirlerden biri Nu’aym b. Mes’ûd ile ilgilidir. Benî Eşca kabilesinin reisi olan Nu’aym yeni Müslüman olmuş, ancak bunu henüz kimse duymamıştı. Nu’aym, Hz. Peygamber’in isteği üzerine ayrı ayrı Benî Kurayza ve Kureyş’e giderek birbirleri aleyhine kışkırttı. Böylece düşman saşarında ortaya çıkan ihtilaf Benî Kurayza Yahudilerinin saf dışı kalmaları sonucunu doğurdu. Hendek Savaşı’ndan sonra Hz. Peygamber savaş stratejisini gözden geçirdi. Müslümanlara saldırı hazırlığı içinde olan düşman kuvvetlerine onlardan erke davranıp hücum etmenin gerekli olduğu görüldü. Bu doğrultuda Benî Kurayza üzerine sefer düzenlendi.

Hac ve umre için Kâbe’yi ziyaret etmek isteyen Müslümanların Mekke’ye belirli mesafede bulunan ve mîkat adı verilen bazı noktalarda ihrama girmeleri gerekir. Medinelilerin mîkatı şehrin güneybatısında Mescid-i Nebevî’ye 11 km. mesafedeki Zülhuleyfe olup Mekke’ye en uzak mîkat yeridir. Diğer yerler ise Şam, Mısır ve Mağribliler için Cuhfe, Necidliler için Karnülmenâzil ve Yemenliler  çin de Yelemlem’dir.
Karnülmenâzil hizasında bulunan Zâtüırk ise Irak yönünden gelenlerin mîkatıdır.

Yapılan müzakerelerden sonra bir antlaşma kaleme alındı. Söz konusu antlaşmaya göre Müslümanlar o yıl Mekke’ye girmeden geri dönecekler, umre için ertesi yıl gelecek ve şehirde üç gün kalabileceklerdi. Mekkeli biri Medine’ye kaçarsa iade edilecek, Medine’den biri Mekke’ye kaçarsa iade edilmeyecekti. Barış on yıl sürecek, taraflardan biri bu ittifaka dâhil olmayan herhangi bir kabile ile savaşa girerse diğeri pasif kalacak, iki taraf hâkimiyeti altındaki toprakları ticaret kervanlarının geçişi, hac ve umre için
emniyet altında tutacaktı. Diğer Arap kabileleri istedikleriyle ittifak yapabilecek, bu
şartlara taraşarın dışında kendileriyle müttefik olan kabileler de uyacaktı.

Merkezî birliğin başında bulunan Hz. Peygamber etrafındaki muhacirle ve ensarla birlikte, Allah’a hamd ve şükürler ederek şehrin yukarı kısmından Mekke’ye girdi, Hacûn’da konakladı ve diğer birliklerle Safâ tepesinde buluştu (11 Ocak 630). Daha sonra Mescid-i Harâm’a giden Hz. Peygamber Hacer-i Esved’i selamlayıp öptü ve Kâbe’yi tavaf etti. Yaptığı konuşmada Mekke’nin harem olduğunu ve bu statüsünün devam edeceğini; hac ve Kâbe idaresiyle ilgili hicâbe (sidâne) ve sikâye dışındaki bütün görevleri ilga ettiğini, hicâbeyi Osman b. Talha’nın sikâyeyi de amcası Abbas’ın elinde bıraktığını belirtti. Arkasından umumi af ilan etti. Hz. Peygamber cezalandırma fırsatı eline geçtiği halde, yirmi yıldır kendisine ve Müslümanlara düşmanlık yapmış Kureyşlileri affederek insanlık tarihine malolmuş büyük bir bağış ve merhamet örneği gösterdi. Fetih günü, aynı zamanda gerçek bir ‘merhamet günü’ oldu. Kimsenin malına dokunulmadı ve esirler serbest bırakıldı. Sadece Müslümanlara karşı şiddetli düşmanlık yaptıkları için daha önce can güvenlikleri kaldırılanlardan üç kişi öldürüldü. Öte yandan fetih sırasındaki kayıplar da 10.000 kişilik bir askerî harekât dikkate alındığında sınırlı sayıda idi:Şehrin güneyinden giren Halid b. Velîd kumandasındaki birliklere direniş gösteren yirmi civarında müşrik ölmüş, iki veya üç Müslüman da şehid olmuştu. Hz. Peygamber, Tevhid inancının sembolü olan Kâbe’nin içindeki ve çevresindeki putları ve diğer şirk alâmetlerini temizlettikten sonra Kâbe’nin içinde iki rek’at namaz kıldı. Bilâl-i Habeşî’den Kâbe’nin damına çıkıp ezan okumasını istedi. Bilâl’ın ezanından sonra Kureyşliler, kadınlı erkekli Hz. Peygamber’in huzuruna gelerek Müslüman oldular. Safvân b. Ümeyye gibi süre isteyenlere de dört ay mühlet verildi. Fetihten sonra bir süre daha Mekke’de kalan Hz. Peygamber Attâb b. Esîd’i Mekke’ye vali tayin edip Muâz b. Cebel’i de yeni Müslüman olanlara Kur’an’ı ve dinî esasları öğretmekle görevlendirdikten

Mekke’nin fethiyle şehrin ve Kâbe’nin idaresi Müslümanların eline geçmiş ve birçok müşrik Arap kabilesi İslâm’a girmiş olmakla birlikte putperest inançlarını devam ettirenler hâlâ mevcuttu. Bu müşrik kabilelerin bir kısmı Müslümanların müttefikiydi. Mekke fethinden sonra, Hz. Peygamber, hicretin 1. yılından itibaren iyi münasebetler kurduğu Medine’ye komşu Damre, Gıfâr, Cüheyne ve Eşca’dan başka Huzâa ve Müdlic gibi müşrik kabilelerle, hac ve umre amacıyla Kâbe’yi ziyarete gelenlere engel olunmayacağına ve haram aylarında kimsenin korku içinde bulunmayacağına dair antlaşmalar yapmıştı. Tebük Seferi’nden döndükten sonra Mekke’de hâlâ müşriklerin bulunacağını ve bazılarının âdetleri olduğu üzere çıplak bir şekilde Kâbe’yi tavaf edeceğini bildiğinden, bu yıl içinde farz olan hacca bizzat gitmeye gönlü razı olmadı. Hz. Ebû Bekir’i hac emîri tayin ederek 300 kadar sahabe ile Mekke’ye gönderdi

Uhud Gazvesi’nden birkaç ay sonra Adal ve Kâre kabilelerinden bir heyet Medine’ye gelip Hz. Peygamber’den kendilerine İslâmiyet’i öğretecek sahabeler göndermesini istediler. Hz. Peygamber’in gönderdiği on kişilik heyet Mekke ile Usfân arasında Recî’ suyu yanında konakladı. Bu sırada Lihyânoğulları’ndan 100 kadar silâhlı bir grup, Müslümanlara baskın düzenledi (Temmuz 625). Yedi sahabe şehid edildi, kalan üç kişiden Abdullah b. Târık yolda öldürüldü, Hubeyb b. Adî ile Zeyd b. Desine Kureyş’e satıldı. Mekkeli müşrikler bir müddet sonra bu iki sahabiyi de işkenceyle şehid ettiler. Bir savaş sebebi teşkil eden bu saldırı ve katliam dolayısıyla Hz. Peygamber 200 kişilik bir kuvvetle Lihyanoğulları üzerine sefer düzenledi. Ancak İslâm ordusunun gelişini haber alan Lihyanoğulları dağlara çekilmiş olduklarından Hz. Peygamber iki gün onların topraklarında kaldıktan sonra geri döndü.

Hz. Peygamber Medine’ye hicret ettiği sırada şehir halkının yarıya yakın nüfusunu Benî Kaynuka, Benî Nadîr ve Benî Kurayza kabilelerinden oluşan Yahudiler teşkil ediyordu. Hz. Peygamber Yahudilere karşı hoşgörülü davrandı, Medine sakinleriyle yaptığı antlaşmaya onları da dâhil etti. Onun bu davranışı bazı Yahudiler üzerinde olumlu etki yaptı ve Benî Kaynuka kabilesinin bilgin şahsiyetlerinden Abdullah b. Selâm ailesiyle birlikte Müslüman oldu. Ancak Yahudiler, yakın zamanda gelecek peygambere tâbi olacaklarını ve düşmanlarına üstünlük sağlayacaklarını söyleyerek Evs ve Hazrec mensuplarını tehdit ettikleri halde bekledikleri peygamber Yahudilerden gelmediği için Hz. Muhammed’in peygamberliğini benimsemediler. Ayrıca Müslümanları dinlerinden döndürmek için çeşitli faaliyetlere giriştikleri gibi, bazen Kur’an-ı Kerim ve Hz. Peygamber’le alay ediyorlardı. Evs ve Hazrec kabileleri arasındaki eski düşmanlıkları hatırlatarak çeşitli fitne faaliyetlerine girişiyorlardı. Bir kısmı da İslâmiyet’e girdiklerini söyleyip aralarına katıldıklar münafıklara cesaret veriyorlardı. Müslümanların Bedir Gazvesi’nden zaferle çıkması da gerginliğin bir diğer sebebiydi. Bu gerginliğin devam ettiği günlerde alışveriş için Benî Kaynuka’ çarşısına giden Müslüman bir kadının tâcize uğraması ve yardım için gelen sahabenin tacizi yapan Yahudiyi öldürmesi, kendisinin de orada bulunan Yahudiler tarafından şehid edilmesi üzerine antlaşma bozulmuş oldu. Hz. Peygamber Nisan 624 tarihinde Benî Kaynukâ üzerine yürüdü; onları önce İslâm’a davet etti. Yahudiler bunu reddedip kalelerine çekilince kaleyi kuşatma altına aldı. On gün devam eden kuşatma sonunda Yahudiler teslim oldu. Hz. Peygamber’in esirlerden, sayıları 700 civarında olan savaşçı erkeklerin öldürülmesine karar vermesi üzerine Hazrec kabilesinin reisi Abdullah b. Übey b. Selûl, Kaynukâoğulları’nın kendilerinin müttefiki olduklarını belirterek bağışlanmalarını istedi. Hz. Peygamber, münafıkların başı olduğunu bilmesine rağmen onun ısrarıyla kabile mensuplarının tamamının Medine’den sürülmesini emretti. Ayrıca onlara şehirden ayrılmaları için üç gün süre tanındı ve alacaklarını tahsil etmelerine izin verildi. Medine’den ayrılan Kaynukaoğulları, bir ay kadar Vâdilkurâ’da kaldıktan sonra Suriye taraflarına gidip Ezriât’a yerleştiler.

Hz. Peygamber’in Arafat’ta yaptığı konuşmada, “bu yıldan sonra sizinle burada belki de bir daha buluşamayacağım” buyurması ve bir süre sonra da vefat etmesi dolayısıyla onun bu haccına ‘Vedâ Haccı’, hutbeye de ‘Vedâ Hutbesi’ denilmiştir. Esasen Hz. Peygamber’in bu hac sırasında çeşitli yer ve zamanlarda birden fazla konuşma yaptığını da belirtmek gerekir.