Keyhüsrev’in Erzincan meliklik dönemiyle ilgili tek bir olaydan bahsedilmektedir. Buna göre Selçuklu Devleti’nin vassalı olan Trabzon Rumları’nın Karadeniz ticaret yollarını tehdit etmesi üzerine bir sefer düzenlendi. Kaynakların verdiği bilgiye göre Melik Keyhüsrev adına düzenlenen bu sefere, Atabey Ertokuş kumanda etmişti. Çok çetin bir muharebe yürüten Selçuklu ordusu, şiddetle muhasara ettiği Trabzon’u fethetmek üzereyken, çıkan fırtına ve yağmur sebebiyle netice alamadan ve zayiât vererek çekilmek zorunda kaldı (1229).

Sultan öldüğünde esasen oğullarının hiçbirisi henüz reşit değildi. Sadeddin Köpek, Taceddin Pervâne, Gürcüoğlu Zahîrüddevle ve atabeyi Şemseddin Altunaba ölen sultanın vasiyeti hilafına, Keyhüsrev’i tahta oturtmak için harekete geçtiler. Reisleri Kayırhan ve diğer Harizmli emirler, Hüsameddin Kaymerî, Kemâleddin Kâmyâr gibi emirler, veliaht Kılıç Arslan’ı tahta geçirmek istemelerine rağmen; insiyatif almakta gecikince, diğerleri Kayseri’ye götürdükleri şehzâdeyi tahta çıkardılar. Muhalif emirler durumu müzakere edip sonunda onlar da biat etmek zorunda kaldılar.

Gulâm sistemi, Büyük Selçuklularda da olduğu gibi, devletin idare mekanizmasının önemli bir unsuruydu. Yeri geldikçe bahsedildiği üzere Türkiye Selçukluları da, Türk tarihindeki diğer örnekleri gibi, boylar birliği esasına göre kurulmuştu. Bu sebeple boy beyleri temsil ettikleri binlerce insan gücü nisbetinde devlete askeri güç sağlarken, kendileri de bürokraside üst düzey görevler yapıyorlardı.

Gulâmlar hükümdarın makro iktidar (hükümranlık) alanından, kendilerine verilen yetki çerçevesinde, mikro düzeyde iktidarı temsil ederlerdi. Bu durum kudretli hükümdarlar zamanında hiçbir sorun yaratmazdı. Keykubâd’ın çok sayıda emiri tasfiye etmesi ve ölümünden az önce oğlu Kılıç Arslan’ın veliahtlığı için zorla biat alması olayında görüldüğü gibi, hükümdar her şartta duruma vaziyet edebilirdi. Ancak bu baskı da  en basit haliyle ümerânın hükümdara karşı kin tutup fırsat kollamasına, yine Keykubâd örneğinde olduğu gibi hükümdarın bertaraf edilmesi kadar kötü gelişmelere yol açabilmekteydi. Gulâmlar kaybetmemek için muhafız birliklerinin sayılarını arttırıp, rekabetin  sınırlarını zorlayan servetler biriktirerek, sistemin boşluklarından yararlanmaya başlarlardı. Gulâm emirler sultanla yaşanabilecek olumsuzluklardan başka, onun en yakınında bulunabilmek için birbirleriyle de kıyasıya mücadele ederlerdi. Muktedir hükümdar ümerânın hem kendisi, hem de    birbirleriyle    olan    ilişkilerinde    dengeyi   korumak suretiyle sistemin zaaf göstermesine fırsat vermezdi. Bununla birlikte emirler sultanın hükümranlık alanından  rol çalarak kendi iktidar alanlarını genişletecek fırsatları kollarlardı. Nitekim sultan, yaşının küçüklüğü ya da şahsiyeti itibariyle mevkiini dolduramazsa derhâl sıkıntı baş gösterirdi. Devletin tepesinde, bir komployla tahttan indirilme kaygısı taşıyan hükümdarla, muhalif olduğu için veya başka bir sebeple giderilme kaygısı taşıyan ümerâ arasında, bu kadar iğreti bir bağın kaldıramayacağı kadar gergin bir ilişki ortaya çıkardı. Neticede ister hükümdarın onayıyla, ister birbirleriyle girdikleri  çatışmalarda ümerânın tasfiye edilmesi, kaht-ı ricâle yol açardı.

II. Keyhüsrev’in tahta geçirilmesinde başlıca rolü oynayan Sadeddin Köpek, hem gulâm sisteminin tüm aksayan yönlerini ortaya çıkaran, hem de devleti çöküntüye götüren süreci başlattı. Kendisine tahtı sağlayan bu emire minnettâr olan sultanın verdiği yetkiyle, muhalif ümerâyı tasŞyeye başladı. Keykubâd döneminde biraz da gulâm ümerâya nisbetle ön plana çıkarılan Harizmli emirlerin reisi Kayır Han, II.Keyhüsrev’in de onayıyla saray mescidinde pusuya düşürülerek yakalandı. Zamantı kalesine gönderilen Kayır Han kötü hapis şartlarına dayanamayıp hayatını kaybetti.

Hükümdarın atabeyi  Şemseddin  Altunaba  bu kötü gidişi durdurmak amacıyla, Kâmyâr gibi güvendiği bazı emirlerle Köpek’in bertaraf edilmesi gerektiğini dile getirdi. Buna cesaret edilemediği bir tarafa düşüncesinin kurbanı oldu. Sultanı atabeyini tasfiye etmek için ikna eden Köpek, onu meclis toplantısında yakalatıp şehir dışında öldürttü.

Aleyhindeki olumsuz havayı değiştirecek bir girişimde bulunmak ihtiyacı hissediyordu. Bu maksatla şöhretini artıracak bir eylem olarak, Eyyûbîler’in elinde bulunan Sümeysat (Samsat)’ı kuşatıp, Türkiye Selçuklu topraklarına kattı (Temmuz 1238). Bu sefer ona arzu ettiği gücü sağlamış olmalı ki, döner dönmez Kayseri’de Hüsameddin Kaymerî’yi, sonra da Kemâleddin Kâmyâr’ı öldürttü. Celâleddin Karatay gibi bazı emirler korkudan ortalıktan çekilirken; Şemseddin İsfahanî’yi vezirlikten azledip pervâneliğe tayin ettirdi. Vezirliğe ise Mühezibüddin Ali getirildi.

Türk devletlerinde hükümdarın meşrûiyeti hanedana mensubiyet şartına bağlıydı. Ahali her türlü sıkıntıya rağmen iktidara tasallut etmek isteyenleri mütegallibe (zorba) sayarak böylelerine itaât etmezdi. Sadeddin Köpek’in kendisini hanedana yamama isteği bu gerçeğin  farkında olduğunu gösteriyor. Nitekim Moğollar da Selçuklu Devletini tümüyle kontrol altına aldıklarında bile, ahali nezdindeki meşruiyetini dikkate alarak Selçuklu hanedan mensuplarını, göstermelik de olsa saltanat makamında bırakmış; onların yerine geçmeye teşebbüs etmemişlerdir.

Hârizmlilere karşı  Eyyûbîlerle  müşterek yürütülen harekât neticesinde, bir kısım yerler de taksim edilmişti. Bu çerçevede Siverek ve Âmid Selçukluların payına düşüyordu. 1232 yılına kadar Artuklu idaresinde bulunan Âmid Eyyûbîlerin eline geçmişti. Hârizmlilere karşı gönderilen Selçuklu kuvvetlerine Sivas ve Niksar sübaşıları idaresinde yeni birliklerin eklenmesiyle Âmid muhasara edildi. Eyyûbî melikinin Hısn-ı Keyfâ’dan yönetmeye çalıştığı savunma, nihayet içeriden Fahreddin Dinarî adlı bir emirin ihanetiyle, 400.000 dirhem karşılığında Selçuklu askerlerinin gizlice içeri alınmasıyla çöktü. Yapılan görüşmeler sonunda şehir  Selçuklu ordusuna teslim oldu. Varılan anlaşmaya göre ahaliye birçok vergi muafiyeti sağlandı. Siverek, Ergani  ve Çermik gibi yerler de Selçuklu topraklarına katıldı (1240). Şehrin sübaşılığına Mübarizeddin İsâ Candâr getirildi.

Devleti yönetenlerin Türkmenleri iskân etmek yerine bir kargaşa sebebi olarak algılamaları, aslında temel insanlık ihtiyaçları olan barınma ve beslenme sorunları yüzünden huzursuzluk yaşayan bu kalabalıkları amaçladıklarından çok başka yerlere sürükledi. Gulâm kökenli devlet adamlarının farslılaşmış/kozmopolitleşmiş zihinsel yapısı, Türkmenleri tahkir derecesinde aşağılıyordu. Kaba, idrâksiz, cahil gibi sıfatlar yakıştırılan ve tüm olumsuzlukların kaynağı olarak görülen Türkmenlerle yönetici kesim arasında bir  uçurum  açılmıştı. İşte bu uçurum devletin kaderini ters yüz eden, Moğollar karşısında devleti zayıf düşüren ve Babaîlik olarak bilinen bir Türkmen ayaklanmasına dönüştü.

Vefâiyye tarikatı mensubu Baba İlyas’la halifesi Baba İshak’ın önderlik ettiği bu isyanın başlıca hedefi, Allah yolundan saptığı iddia edilen II. Gıyaseddin Keyhüsrev’i alaşağı etmekti. Mehdi olarak ortaya çıkan Baba İlyas, peygamberlik iddiasında da bulunuyor ve müridlerince Resulullah olarak kabul  ediliyordu. Hadisenin bu rengi almasında kuşkusuz, Türkistan’ın üçyüz yıldır büyük göçlerle  sarsılmasının  göçebe Türklerin munsubu oldukları İslâmiyeti yeterince özümsemesine imkân vermemesi önemli bir rol oynuyordu. Özünde yerleşikliği önceleyen İslâmiyet, malûm hayat şartlarında konar-göçerlerin  dinlerinde toptan bir değişim yerine, yeni inanç unsurlarının şifahi yolla eskilere yamanması şeklinde yer buluyordu. Dolayısıyla Müslüman olduklarını söyleyen bu kitleler Baba İlyas’ın peygamberliğine, yenilmezliğine, hatta ölümsüzlüğüne    inanabiliyorlardı. Bu konuya ilişkin yapılmış olan araştırmalarda, isyanın başladığı Adıyaman- Kefersud-Maraş bölgesinde hırıstıyanlığın muhtelif anlayışları, paganizmden kalan inançlar ve Batınîliğin karışımıyla bambaşka bir inanç sentezi oluştuğu ifade edilmektedir.

Bu isyanın en olumsuz sonuçlarından biri de, o güne kadar Türkiye hudutlarını aşmaya pek cesaret edemeyen Moğollar’ın harekete geçmesine fırsat vermesi olmuştur. İsyanı bastırmak için Erzurum’daki ordunun çekilmiş olması Moğollar’ın daha ilk teşebbüslerinde başarı kazanmalarını sağladı.

Savaştan sonra Amasya’ya kaçmış olan vezir Mühezibüddin Ali ise, Moğol istilâsının yayılma istidadı gösterdiğini ve tahribatın gittikçe büyüdüğünü dikkate alarak, Moğollar’la anlaşma yapılması gerektiğine karar verdi. Değerli hediyeler hazırlayıp Malatya kadısını da yanına alarak Moğol ordusunun ardına düşen vezir, Erzurum yakınlarında Baycu’ya yetişip onunla birlikte Mugan’a gitti. Selçuklu veziri Baycu’ya barış anlaşması yapmak istediklerini bildirdi. Yapılan pazarlıklar neticesinde Selçuklu sultanın Moğollara her yıl 360.000 dirhem haraç, 10.000 koyun, 1.000 sığır, 1.000  atdan başka deve, katır, av köpekleri, kıymetli kumaşlar göndermesi  şartıyla anlaşmaya varıldı.

İsfahanî, Altınorda hanının yanından döndükten sonra, Ermeniler artık Moğollar’a bağlandıkları için, muhtemelen hanın onayını almış olarak, Kilikya Ermenileri’ni cezalandırmak üzere bir sefer yapmaya memur edildi. Bu arada Mühezibüddin Ali öldüğü için onun yerine vezirliğe tayin edilen İsfahanî, Ereğli üzerinden Çukurova’ya girdi. Tarsus’a kadar her yeri fethetti. Bu şehri de kuşatma altına aldı. Birkaç ay süren kuşatmadan sonra Tarsus düşmek üzereyken, II. Keyhüsrev’in öldüğü haberi geldi. Vezir bu haberi saklayarak II. Hetum’a anlaşma teklif etti. Çok müşkül durumda bulunan kral birkaç küçük kaleyle birlikte Prakana’nın Selçuklulara iadesini; yıllık vergiyi vermedikleriyle birlikte ödemeyi kabul etti.

Kılıç Arslan’ın saltanatı döneminde Nizameddin Hurşid ve Muineddin Pervâne gibi İranlı ümera, zaten yok mevkiinde olan sultan adına devletin dizginlerini tamamen ellerine geçirdiler. Pervâne ve nâib, Baycu hem Aksaray kışlağındayken, hem Bağdad seferi için  Anadolu’dan           ayrılırken ahaliyi soyup, canını çıkararak topladıklarıyla onun iaşesini sağlamayı ihmâl etmediler. Fakat Baycu ayrıldıktan  sonra  Anadolu’da kalan Moğol komutan Hoca Noyan, zulme varan icraâtları nedeniyle, Pervâne ve nâib Nizameddin Hurşid tarafından gizlice zehirlendi. Moğollar tarafından yapılan soruşturma neticesinde nâib suçlu görülerek öldürüldü.  Bundan sonra Türkiye Selçukluları’nda, devletin yegâne hâkimi olan Pervâne Muineddin Süleyman’ın tek başına iktidar olduğu dönem başladı. Pervânelikten sonra vezirliğe de atanmasına rağmen, bu unvan tuhaf bir şekilde onun gücünü simgeleyen ve kendisiyle özdeşleşen bir  isim haline geldi.

Nihayet Mengü Kağan, Moğollar’a karşı savaşı teşvik ettiği için Keykâvus’a kızıp, Kılıç Arslan’ı tek başına Selçuklu tahtına tayin etti. Ancak heyetin dönüşte yanına uğradığı Hulagü, bu yarlığı Şemseddin Tuğraî’nin elinden aldı; el-Cezire ve Suriye’ye düzenleyeceği sefer öncesinde her iki hükümdarın da huzuruna gelmesini istedi. Pervâne, vezir Şemseddin Mahmud (Tuğraî)  ve Kılıç Arslan tarafından davet edilen Keykâvus’la dolaylı olarak yapılan görüşmeler sonunda, ülke Kızılırmak sınır olmak üzere ikiye bölündü (1258).

Bu arada Altınorda Hanı  Berke  Müslüman  olduğu için, Hulagü ile arası açılmış, sonra Memlûklerle ittifak etmiş; hatta Hulagü’yu savaşta yenilgiye uğratmıştı. Ayrıca Hulagü’nun Suriye seferinden dönerken, Ket Boğa idaresinde bölgede bıraktığı ordu, Memlûk ordu komutanı Baybars tarafından Ayn-ı Câlût denilen yerde hezimete uğratıldı ( Eylül 1260). Bu Moğollar’ın Suriye’den sonra Mısır’ı da istilâ etme emellerinin önüne set çekerken; İslâm dünyasında Moğollar’ın yenilmezliği efsanesini yok etti. Moğollar bundan sonra da, Suriye’de Memlûklerle girdikleri mücadelede kaybeden taraf oldular.

Baybars nihayet 1277 baharında, Türkmen beylerinden ve Pervâne başta olmak üzere Selçuklu devlet adamlarından aldığı davetler üzerine, Anadolu’daki tüm Moğol karşıtlarının umudu olarak yola çıktı. Haleb ve Ayntâb üzerinden Elbistan ovasına geldi. Bunu haber alan Moğollar derhâl Gürcü ve Selçuklu kuvvetlerini de alarak Baybars’ın üzerine yürüdüler. Memlûk sultanı iki gün boyunca devam eden savaşta, kendisinden  sayıca  az olduğu anlaşılan Moğol ordusunu ağır bir yenilgiye uğrattı (15 Nisan 1277).

Keyhüsrev’in çocukluk dönemine ait bilgiler çok yetersizdir. Doğum tarihi bilinmediği gibi annesinin kim olduğu da tam olarak tespit edilememektedir. Keyhüsrev’in hükümdarlığı sırasında, İstanbul Latin imparatoruna gönderdiği bir mektuptan anlaşıldığına göre, annesi Hıristiyan bir hanımdı. Keykubâd öldüğünde henüz ihtida etmemiş olan bu hanımın, sultanın Alaiyye’yi fethettiğinde (1221/1222) evlendiği Kir Vard’ın kızı olduğu tahmin edilmektedir. Buna göre Keyhüsrev’in1223 yılında doğduğu söylenebilir.

Alâaddin Keykubâd 1228 yılında Mengücekoğulları’ndan Erzincan’ı alınca, büyük oğlu Keyhüsrev’i buraya melik tayin etti. Bu sırada henüz 6-7 yaşı civa-rında olduğu anlaşılan Keyhüsrev’in atabeyliğine de Antalya valisi Mübarizeddin Ertokuş atandı.

Sultan I. Keykubad öldüğünde esasen oğullarının hiçbirisi henüz reşit değildi. Sadeddin Köpek, Taceddin Pervâne, Gürcüoğlu Zahîrüddevle ve atabeyi fiemseddin Altunaba ölen sultanın vasiyeti hilafına, Keyhüsrev’i tahta oturtmak için harekete geçtiler. Reisleri Kayırhan ve diğer Harizmli emirler, Hüsameddin Kaymerî, Kemâleddin Kâmyâr gibi emirler, veliaht Kılıç Arslan’ı tahta geçirmek istemelerine rağmen; inisiyatif almakta gecikince, diğerleri Kayseri’ye götürdükleri şehzâdeyi tahta çıkardılar. Muhalif emirler durumu müzakere edip sonunda onlar da biat etmek zorunda kaldılar.

Moğol istilâsının Türkiye sınırlarına varmadan yarattığı etkilerden biri, Türkmenlerin bu felâketin önünden Türkistan, İran ve Azerbaycan’daki yurtlarını terk ederek Anadolu’ya iltica etmeleriydi. Daha Alâaddin Keykubâd döneminde başlayan göçlerin, devletin kudretli olduğu zamanda, Türkmenlere yurtlar tahsis edilerek soruna dönüşmesine izin verilmemişti. Ancak şimdi bir yandan istilânın şiddetiyle aynı doğrultuda olarak göçerlerin sayısının artması, diğer yandan göçerlerle yerleşiklerin hayat tarzları arasındaki farklılıklar, kaçınılmaz olarak, bazı toplumsal meselelere yol açıyordu. Daha çok doğu-güneydoğu bölgelerinde yığılan, yaylak ve kışlaklar-da hayat sürmeye alışmış, olmazsa yağmadan başka geçim kaynağı bulunmayan göçebeler, doğal olarak yerleşik düzeni tehdit ediyorlardı. Devleti yönetenlerin Türkmenleri iskân etmek yerine bir kargaşa sebebi olarak algılamaları, aslında temel insanlık ihtiyaçları olan barınma ve beslenme sorunları yüzünden huzursuzluk yaşayan bu kalabalıkları amaçladıklarından çok başka yerlere sürükledi. Gulâm kökenli devlet adamlarının Farslılaşmış/kozmopolitleşmiş zihinsel yapısı, Türkmenleri tahkir derecesinde aşağılıyordu. Kaba, idrâksiz, cahil gibi sıfatlar yakıştırılan ve tüm olumsuzlukların kaynağı olarak görülen Türkmenlerle yönetici kesim arasında bir uçurum açılmıştı. İşte bu uçurum devletin kaderini ters yüz eden, Moğollar karşısında devleti zayıf düşüren ve Babaîlik olarak bilinen bir Türkmen ayaklanmasına dönüştü.

Celâleddin Hârizmşah’ın Yassıçimen Savaşında yenilip ölmesi üzerine başıboş kalan Hârizmliler, Alâaddin Keykubâd tarafından Selçuklu Devleti’nin hizmetine alınmışlardı. Moğol tehlikesi karşısında onlardan yararlanmak ve ülke için tehdit olmaktan çıkarmayı amaçlayan bu tasarruf, devletin üst düzey görevlileri arasında onlara karşı bir husumet de yaratmıştı. Çoğu İranî unsurlara dayanan gulâm ümerâya alternatif oldukları anlaşılan Hârizmliler, Keykubâd’ın vasiyetine uygun olarak Kılıç Arslan’ı tahta geçirmeyi düşünürken, mevcut konumlarını muhafaza edebil-meyi de istiyorlardı. Nitekim Keyhüsrev’in tahta geçişi sırasında muhalefet etmelerine rağmen bağlılıklarını sunmak zorunda kalmışlardı. Ancak kendilerine güvenilmediği için reisleri Kayır Han, Sadeddin Köpek tarafından hapse atılınca, aynı akıbete uğramaktan korkan diğer Hârizmliler, hemen toplanıp Türkiye sınırlarını terk etmek üzere harekete geçtiler. Mevcut geçim kaynaklarını yitirdikleri için yolları üzerindeki yerleri yağmalayarak ilerliyorlardı. Bu büyük kaynaşma karşısında Hâ-rizmlileri geri getirmek üzere Kemâleddin Kâmyâr görevlendirildi. Fakat devlete güvenlerini yitiren ve dönmek istemeyen Hârizmliler üzerlerine gönderilen Selçuklu kuvvetlerini de yenilgiye uğratıp, Eyyûbî topraklarına geçtiler. Hısn-ı Keyfâ meliki tarafından kendilerine ikta edilen Diyar-ı Mudar’a yerleştiler. Hârizmliler bununla birlikte Eyyûbî melikleri arasındaki ihtilaflarda taraf olarak veya etrafı yağmalayarak asayişsizlik sebebi olmaya devam ediyorlardı. Türkiye Selçukluları açısından büyük sorun teşkil eden Babaîler’le de işbirliği yapıyorlardı. Nihayet Babaî isyanının bastırılmasından sonra, üzerlerine yürüyen Selçuklu-Eyyûbî kuvvetlerinin yenilgiye uğrattığı Hârizmliler, ağır kayıplar vererek Abbasî Halifeliği topraklarına girdiler.

Sadeddin Köpek, ileri gelen devlet adamlarını öldürdükten sonra tahakkümü altında bulunan sultan ve devlete tamamen hâkim olmuştu. Fakat sınırsız ihtirası bu kadarla yetinmesine imkân vermiyordu. Bir Latin kaynağının söylediğine göre tahtı ele geçirmek isteyen Köpek, sultanı boğmak için yanında ip taşıyordu. Köpek’in Keyhüsrev’in yanına destursuz, kılıçla ve istediği gibi girip çıkması artık sultanı korkutur hâle gelmişti. II. Keyhüsrev ondan kurtulmak için çareler ararken, Köpek bu arada Sultan I. Keyhüsrev’in gayrı meşru çocuğu olduğu şayiasını yaymaktaydı. Böylece kardeşleri bertaraf edilmiş, oğulları henüz bebek olan II. Keyhüsrev’i öldürüp, gayrı meşru da olsa sultanın amcası olarak onun yerine geçecekti. Keyhüsrev şimdi babası zamanından kalan değerli emirleri yok etmiş olmaktan pişman ve çaresiz durumda; Köpek kendisine kastetmeden, nihayet onu ortadan kaldırmaya karar verdi. Önceden hazırlanan bir tertip neticesinde, bir işret meclisinden sonra evine gitmek üzere kalkan Köpek, sultanın bu işle görevlendirdiği Candâr Karaca ve adamlarının saldırısına uğradı. Sarayın şaraphanesine kaçınca oradaki görevliler tarafından kılıç, bıçak ve sopa darbeleriyle paramparça edilerek öldürüldü. Daha sonra parçaları bir kafese konularak teşhir edildi (1239 yılı başları). Kaynaklar işlediği sayısız cinayetlerle devletin idare mekanizmasında onulmaz yaralar açan Köpek’in, güç sahiplerine karşı ahaliyi himaye ettiği ve bu hususta da çok sert bir politika takip ettiğini söylemekle birlikte, kendisine usul gereği bile rahmet dilemişlerdir.

Hârizmlilere karşı Eyyûbîlerle müşterek yürütülen harekât neticesinde, bir kısım yerler de taksim edilmişti. Bu çerçevede Siverek ve Âmid Selçukluların payına düşüyordu. 1232 yılına kadar Artuklu idaresinde bulunan Âmid Eyyûbîlerin eline geçmişti. Hârizmlilere karşı gönderilen Selçuklu kuvvetlerine Sivas ve Niksar Sübaşıları idaresinde yeni birliklerin eklenmesiyle Âmid muhasara edildi. Eyyûbî melikinin Hısn-ı Keyfâ’dan yönetmeye çalıştığı savunma, nihayet içeriden Fahreddin Dinarî adlı bir emirin ihanetiyle, 400.000 dirhem karşılığında Selçuklu askerlerinin gizlice içeri alınmasıyla çöktü. Yapılan görüşmeler sonunda şehir Selçuklu ordusuna teslim oldu. Varılan anlaşmaya göre ahaliye birçok vergi muafiyeti sağlandı. Siverek, Ergani ve Çermik gibi yerler de Selçuklu topraklarına katıldı (1240). Şehrin sübaşılığına Mübarizeddin İsâ Candâr getirildi. Ancak Selçuklu vassalı Meyyâfârikîn Eyyûbî meliki Şehâbeddin Gazi, Hârizmli ve Germiyanlılardan sağladığı kuvvetlerle Âmid’i almak için harekete geçti. Bunun üze-rine II. Keyhüsrev’in emriyle, Kayseri’de toplanan Selçuklu ordusu Meyyâfârikîn’i kuşattı. Şiddetli çatışmalar Abbasi halifesinin Moğol tehlikesine işaret ederek, Müslümanların birlik olması için tavassutta bulunması üzerine sona erdi.

Türkiye Selçuklu Devleti’nin en kudretli zamanında ortaya çıkan bu Türkmen ayaklanması zorla da olsa bastırılabilmiş; fakat idari, askeri, iktisadi ve sosyal tüm aksaklıkları da gözler önüne sermişti. Bu isyanın en olumsuz sonuçlarından biri de, o güne kadar Türkiye hudutlarını aşmaya pek cesaret edemeyen Moğolların harekete geçmesine fırsat vermesi olmuştur. İsyanı bastırmak için Erzurum’daki ordunun çekilmiş olması Moğolların daha ilk teşebbüslerinde başarı kazanmalarını sağladı.

Kösedağ yenilgisinden sonra 3000 deve yükü ve bir ev dolusu olduğu rivayet edilen altın ve gümüş ile ancak 40 arabayla taşınabilen zırhlar ve ordugâhtaki her şey Moğolların eline geçti.

Selçuklu Devleti zarar görürse kendilerinin de bu işten kurtulamayacağı hatırlatılarak Meyyâfârikîn melikine Ahlat’ı, Mardin Artuklu beyine Resülayn’ı vermeyi teklif ederken, hepsine çok miktarda paralar da verildi.

Moğollar Kösedağ galibiyetiyle yetinmeyip, ilerlemeye devam ederek yolları üzerindeki Selçuklu şehirlerini zapt etmeye koyulmuşlardı. Nitekim Baycu ordusuyla Sivas’a geldiğinde şehrin kadısı, vaktiyle Cengiz Han’dan aldığı bir yarlığı gösterip kıymetli hediyeler sunmak suretiyle yakılıp yıkılmasını engelledi. Selçuklu Türkiye’sinin doğu-batı, kuzey-güney ticaret yollarının kavşak noktası olan ve I. Keykâvus’un devlet merkezi olarak kullandığı bu mamur şehir, yine de üç gün boyunca yağmalanmaktan kurtulamadı.

Moğol ordusu Kayseri’ye ilerledi. Şehir Câmedâr Kaymaz ve Ayaz adlı emirler tarafından müdafaaya hazırlandı. Kayseri’nin kuvvetli bir garnizonu olduğu için Moğollar için kolay bir kuşatma olmadı. Baycu, muhasaranın uzaması üzerine şehri almayı ertesi yıla ertelemeyi düşünürken, Hacikoğlu adlı bir Ermeni mühtedi hayatının bağışlanması şartıyla içerideki durum hakkında bilgi verdi. Şehrin müdafaası bu yüzden zayıflamaya başladı; herkes Moğollara sığınarak canını kurtarma derdine düştü. Mancınıklarla atılan taşlarla surlarda büyük gedikler açılırken Moğollar müdafileri ok yağmuruna tutarak içeri girdiler. Moğolların âdeti olduğu üzere, bilhassa direnenler tamamen imha edilirken, işlerine yarayacak kadın ve çocuklar esir edildi. Selçuklu Türkiye’sinin tıpkı Sivas ve Konya gibi büyük ve zengin şehirlerinden olan Kayseri yıkıma uğradı.

Kösedağ Savaşından sonra Moğol istilâsının dehşetinden Halep istikametinde kaçan ahali Kilikya Ermenilerinin baskınlarına uğrayıp kayıplar veriyor, Elbistan ve Ayntâb civarındaki Türkmenler de durumdan istifadeyle yolları kesiyorlardı. Malatya sübaşısı da Kösedağ yenilgisi ve sultanın kaçması üzerine, şehirdeki hükümdar sarayının hazinelerini yağmalayıp Halep’e kaçmıştı. Sultanın Tokat’a doğru çekilirken yolda karşılaştığı Çaşnigir Mübarizeddin Çavlı’yı, Malatya-Elbistan havalisine beylerbeyi tayin etmesi bu olaylarla ilgili gibi görünmektedir.

Kösedağ Savaşı'ndan sonra Amasya’ya kaçmış olan vezir Mühezibüddin Ali ise, Moğol istilâsının yayılma istidadı gösterdiğini ve tahribatın gittikçe büyüdüğünü dikkate alarak, Moğollarla anlaşma yapılması gerektiğine karar verdi. Değerli hediyeler hazırlayıp Malatya kadısını da yanına alarak Moğol ordusunun ardına düşen vezir, Erzurum yakınlarında Baycu’ya yetişip onunla birlikte Mugan’a gitti. Selçuklu veziri Baycu’ya barış anlaşması yapmak istediklerini bildirdi. Yapılan pazarlıklar netice-sinde Selçuklu sultanın Moğollara her yıl 360.000 dirhem haraç, 10.000 koyun,1.000 sığır, 1.000 attan başka deve, katır, av köpekleri, kıymetli kumaşlar göndermesi şartıyla anlaşmaya varıldı. Kaynaklarda Vezir Mühezibüddin Ali’nin gururlu bir şekilde Selçukluların gücünden bahisle Moğolları anlaşmaya ikna ettiğinden bahsedilmektedir.

Sonuç olarak Türkiye Selçuklu Devleti bu anlaşmayla Moğollara haraç vermek zorunda kalarak bağımsızlığını yitirmiştir. Üzerinde düşünülmesi gereken hususlardan biri de, güya Selçuklu Devleti’nin gücüne inanan ve en üst düzey makamlardan birinde bulunan bu devlet görevlisinin, Moğollara karşı mücadeleyi aklına bile getirmeyip, sultana danışmadan bir tabiiyet anlaşması yapmaya cüret etmiş olmasıdır. Fakat vezirin dönüşü ve Moğollarla anlaşma yapabilmiş olması devlet katında sevinçle karşılandı. Ancak bu anlaşmanın, galiba Baycu Noyan’ın tavsiyesiyle, Moğolların batıdaki en büyük temsilcisi Altınorda hanı Batu’ya da onaylatılması gerekmekteydi. Bu defa saltanat naibi Şemseddin İsfahanî bu görevi üstlendi. İsfahanî, Batu Han’a II. Keyhüsrev’in bağlılığını bildirdi; o da sultana tâbi hükümdarlara verilen alâmetlerle birlikte, tabilik statüsünü gösteren bir yarlığ gönderdi.

Kaynaklar II. Gıyaseddin Keyhüsrev'in devleti çok kısa bir sürede çöküntünün eşiğine getiren hatalarını gençliğine, cahilliğine, kötü ahlâklı insanlarla düşüp kalkmasına ve biraz da aklının kıt olmasına bağlarlar. İçki ve sefahate düşkün olduğu, vahşi hayvanlar besleyip onlarla oynadığı; hatta ölümünün de böyle bir yaralanmadan kaynaklandığı rivayeti vardır.

Celâleddiin Karatay, şehzâdeler arasındaki sonuçsuz taht rekabetini bitirecek bir tedbir olarak, üç kardeşin bir arada tahta oturtulması için harekete geçti. Vezir İsfahanî’nin zulmünden dolayı taraftar toplamakta zorluk çekmeyen Kılıç Arslan’ın adamları, önce bu görüşü kabul etmelerine rağmen sonra vazgeçtiler. Sonunda iki kardeşin orduları Aksaray Hanı önünde karşılaştılar (14 Haziran 1249). Savaşı Keykâvus taraftarları kazandı ve Kılıç Arslan esir edildi. Devrin kaynaklarında anlatıldığına göre, iki kardeş karşılaşınca birbirlerine sarılıp ağladılar. Karatay bunun üzerine ortak hükümdarlık meselesini uygulamaya koyarak üç kardeşi birden tahta oturttu.

Kılıç Arslan’ın saltanatı döneminde Nizameddin Hurşid ve Muineddin Pervane gibi İranlı ümera, zaten yok mevkiinde olan sultan adına devletin dizginlerini tamamen ellerine geçirdiler. Pervane ve naip, Baycu hem Aksaray kışlağındayken, hem Bağdat seferi için Anadolu’dan ayrılırken ahaliyi soyup, canını çıkararak topladıklarıyla onun iaşesini sağlamayı ihmâl etmediler. Fakat Baycu ayrıldıktan sonra Anadolu’da kalan Moğol komutan Hoca Noyan, zulme varan icraatları nedeniyle, Pervane ve naip Nizameddin Hurşid tarafından gizlice zehirlendi. Moğollar tarafından yapılan soruşturma neticesinde naip suçlu görülerek öldürüldü. Bundan sonra Türkiye Selçuklularında, devletin yegâne hâkimi olan Pervane Muineddin Süleyman’ın tek başına iktidar olduğu dönem başladı. Pervanelikten sonra vezirliğe de atanmasına rağmen, bu unvan tuhaf bir şekilde onun gücünü simgeleyen ve kendisiyle özdeşleşen bir isim haline geldi.

Kaynaklar Pervane zamanını Moğollar baskısı sayesinde Türkmenleri ve muhalifleri susturduğu ve asayiş sorunu yaşanmadığı için çok huzurlu, müreffeh bir dönem olarak anlatmaktadırlar. Oysa Pervane o güne kadar elde ettiği mevki, makam ve mal için, Moğollara Anadolu’yu baştanbaşa çiğnetmişti.

Baybars yenilgisinden sonra Abaka, Baybars’tan intikam almak niyetiyle, 30.000 kişilik bir orduyla Anadolu’ya geldi. Pervane, III. Keyhüsrev’le birlikte Abaka’yı önünde yer öperek karşıladı. Savaşın üzerinden iki ay geçmiş olmasına rağmen ova, vahşi hayvanlarca parçalanmış Moğol askerlerinin cesetleriyle doluydu. Ölüler arasında Selçuklu askerlerinin bulunmaması ve savaştan sonra bizzat gidip bilgi vermemesi, Baybarsla işbirliği yapıtığı bilinen Pervane’yi zan altında bıraktı. Yaz olduğu için Memlûk seferinden vazgeçip, hırsını Anadolu’yu talan ederek alan Abaka’nın, Anadolu’da 200.000 insanı öldürttüğü söylenmektedir. Ordusunun bir kısmını Karamanoğlu ve Siyavuş isyanını bastırmak için bırakan Abaka, Pervane’yi maiyetiyle birlikte, Van Gölü kuzeyindeki Aladağ yaylağına götürdü. Burada muhakeme edilen Pervane ithamları reddetti ise de, Baybars’a gönderdiği mektupların önüne serilmesi üzerine suçunu kabul etmek zorunda kaldı. Pervane otuz beş kadar adamıyla birlikte, kılıçla boyunları vurulmak suretiyle öldürüldü.